Dopo il giorno di riposo nella tappa da Limone sul Garda a Falzes arriva la fuga e vince il basco Izagirre. Altissima la media della prima ora ma al km 52 escono Herrada, De Marchi, Frank, Izagirre, Mazzanti, Bak, Maes, Clement, Brändle e Boaro. I dieci hanno un vantaggio massimo di 12'30". Sulla salita verso Falzes scatta Izagirre mentre De Marchi, Frank ed Herrada López provano a rientrare, staccati di 10". Il basco dell'Euskaltel però non perde terreno, anzi, guadagna secondi su De Marchi e Frank e va a vincere la tappa. Secondo classificato Alessandro De Marchi su Stef Clement.
Come da previsioni, è Joaquim Rodríguez a vincere la tappa di Assisi. Vanno subito in fuga Brändle, Failli, Bonnafond, Minguez e Keizer. Successivamente in testa restano Bonnafond, Failli e Minguez, con Keizer, Brändle e Cleent che inseguono a 21". Si ricongiungono alla testa della corsa ma ai -10 km il gruppo tirato dalla Garmin-Barracuda è a soli 20". Vengono ripresi quando mancano 7.5 km ad Assisi, all'inizio del muro di San Damiano. Qui scatta Slagter ma Scarponi non perde colpi e Pozzovivo tiene botta.
Non era arrivata nel prologo a causa dela pioggia, la vittoria di Bradley Wiggins. È giunta oggi, oltretutto nella maniera più consueta per il britannico: la volata (seppur ristretta) Scatti e controscatti negli ultimi 20 km della tappa, il gruppo arriva a La Chaux-de-Fonds forte di una quarantina di unità. Sullo stretto rettilineo d'arrivo è Wiggins a partire in testa, Tiralongo e Westra provano a contrastare il campione britannico ma nulla possono. Pietropolli chiude in 8a posizione di tappa, Cadel Evans 13°.
L'HTC - Highroad vince sia la prova maschile che quella femminile della Chrono des Nations, portando così a 510 i successi dall'anno 2008.