Mikel Astarloza, 16° di tappa a 4" da Cavendish e 10° nella generale a 12'38" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 8 | Christian Vande Velde | a 10'08" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 9 | Christophe Le Mével | a 12'37" | Francia | Française des Jeux |
| 10 | Vladimir Karpets | a 13'36" | Russia | Team Katusha |
| 11 | Roman Kreuziger | a 14'08" | Repubblica Ceca | Liquigas |
| 12 | Sandy Casar | a 14'37" | Francia | Française des Jeux |
| 13 | Rinaldo Nocentini | a 15'27" | Italia | AG2R La Mondiale |
| 14 | Carlos Sastre Candil | a 17'23" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 15 | Stéphane Goubert | a 19'47" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 16 | Jurgen Van den Broeck | a 19'49" | Belgio | Silence - Lotto |
| 49 | Kim Kirchen | a 1h01'07" | Lussemburgo | Team Columbia - High Road |
| 50 | Matthew Lloyd | a 1h03'26" | Australia | Silence - Lotto |
| 51 | Yury Trofimov | a 1h03'59" | Russia | Bbox Bouygues Telecom |
| 52 | Ryder Hesjedal | a 1h08'34" | Canada | Garmin - Slipstream |
| 53 | David Loosli | a 1h12'31" | Svizzera | Lampre - N.G.C. |
| 54 | Carlos Barredo Llamazales | a 1h13'19" | Spagna | Quick Step |
| 55 | Grischa Niermann | a 1h14'32" | Germania | Rabobank |
| 56 | Pierrick Fédrigo | a 1h18'40" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 57 | Charles Wegelius | a 1h21'40" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 58 | David Moncoutié | a 1h21'52" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 59 | Gorka Verdugo Marcotegui | a 1h22'59" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 60 | Sylvain Calzati | a 1h23'10" | Francia | Agritubel |
| 61 | Laurens Ten Dam | a 1h25'59" | Olanda | Rabobank |
| 62 | Thomas Voeckler | a 1h27'58" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 63 | Geoffroy Lequatre | a 1h32'42" | Francia | Agritubel |
| 64 | Amaël Moinard | a 1h36'47" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 65 | David Zabriskie | a 1h36'55" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 66 | Juan Manuel Gárate Cepa | a 1h37'57" | Spagna | Rabobank |
| 67 | Nicolas Vogondy | a 1h38'03" | Francia | Agritubel |
| 68 | Johannes Fröhlinger | a 1h39'42" | Germania | Team Milram |
| 69 | Igor Antón Hernández | a 1h40'40" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 44 | Alessandro Ballan | a 1'10" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 45 | Sébastien Minard | a 1'15" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 46 | Hubert Dupont | a 1'15" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 47 | Sylvain Calzati | a 1'15" | Francia | Agritubel |
| 48 | William Bonnet | a 1'15" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 49 | Hayden Roulston | a 1'15" | Nuova Zelanda | Cervélo Test Team |
| 39 | Frederik Willems | a 12" | Belgio | Liquigas |
| 40 | Linus Gerdemann | a 12" | Germania | Team Milram |
| 41 | George Hincapie | a 12" | Usa | Team Columbia - High Road |
| 105 | Mark Renshaw | a 14'27" | Australia | Team Columbia - High Road |
| 106 | Stuart O'Grady | a 14'27" | Australia | Team Saxo Bank |
| 107 | Alessandro Vanotti | a 14'27" | Italia | Liquigas |
| 108 | Fabio Sabatini | a 14'27" | Italia | Liquigas |
| 109 | Daniele Bennati | a 14'27" | Italia | Liquigas |
| 110 | Tyler Farrar | a 14'27" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 111 | Rubén Pérez Moreno | a 14'27" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 112 | Juan José Oroz Ugalde | a 14'27" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 113 | Bernhard Eisel | a 14'27" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 114 | Bingen Fernández Bustinza | a 14'27" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 115 | Bert Grabsch | a 14'27" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 116 | Staf Scheirlinckx | a 14'27" | Belgio | Silence - Lotto |
| 117 | Stéphane Augé | a 14'27" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 118 | Christophe Riblon | a 14'27" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 119 | Anthony Geslin | a 14'27" | Francia | Française des Jeux |
| 120 | Danny Pate | a 14'27" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 121 | Christophe Kern | a 14'27" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 122 | Marco Bandiera | a 18'37" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 123 | Mauro Santambrogio | a 18'37" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 124 | Igor Antón Hernández | a 18'37" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 125 | Marcin Sapa | a 18'37" | Polonia | Lampre - N.G.C. |
