Mikel Astarloza, 16° di tappa a 4" da Cavendish e 10° nella generale a 12'38" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 140 | Albert Timmer | a 3h10'11" | Olanda | Skil - Shimano |
| 1 | Alberto Contador Velasco | in 77h06'18" | Spagna | Astana |
| 86 | Alessandro Ballan | a 2h01'11" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 116 | Alessandro Vanotti | a 2h41'57" | Italia | Liquigas |
| 17 | Alexandre Botcharov | a 24'26" | Russia | Team Katusha |
| 120 | Alexandre Pichot | a 2h47'53" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 101 | Aliaksandr Kuchynski | a 2h18'31" | Bielorussia | Liquigas |
| 64 | Amaël Moinard | a 1h36'47" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 154 | Andreas Klier | a 3h28'45" | Germania | Cervélo Test Team |
| 5 | Andreas Klöden | a 5'38" | Germania | Astana |
| 2 | Andy Schleck | a 4'11" | Lussemburgo | Team Saxo Bank |
| 128 | Anthony Geslin | a 2h56'55" | Francia | Française des Jeux |
| 114 | Arnaud Coyot | a 2h40'26" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 138 | Benoît Vaugrenard | a 3h09'24" | Francia | Française des Jeux |
| 148 | Bernhard Eisel | a 3h21'24" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 131 | Bert Grabsch | a 3h01'33" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 105 | Bingen Fernández Bustinza | a 2h28'50" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 4 | Bradley Wiggins | a 5'36" | Belgio | Garmin - Slipstream |
| 124 | Brett Lancaster | a 2h50'22" | Australia | Cervélo Test Team |
| 109 | Brian Bach Vandborg | a 2h34'46" | Danimarca | Liquigas |
| 24 | Brice Feillu | a 32'25" | Francia | Agritubel |
| 29 | Cadel Evans | a 40'17" | Australia | Silence - Lotto |
| 54 | Carlos Barredo Llamazales | a 1h13'19" | Spagna | Quick Step |
| 14 | Carlos Sastre Candil | a 17'23" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 57 | Charles Wegelius | a 1h21'40" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 33 | Chris Anker Sørensen | a 44'43" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 18 | Christian Knees | a 27'51" | Germania | Team Milram |
| 8 | Christian Vande Velde | a 10'08" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 75 | Christophe Kern | a 1h49'24" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 9 | Christophe Le Mével | a 12'37" | Francia | Française des Jeux |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 94 | Albert Timmer | a 9'31" | Olanda | Skil - Shimano |
| 23 | Alberto Contador Velasco | a 4" | Spagna | Astana |
| 44 | Alessandro Ballan | a 1'10" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 107 | Alessandro Vanotti | a 14'27" | Italia | Liquigas |
| 21 | Alexandre Botcharov | a 4" | Russia | Team Katusha |
| 99 | Alexandre Pichot | a 9'31" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 62 | Aliaksandr Kuchynski | a 2'01" | Bielorussia | Liquigas |
| 69 | Amaël Moinard | a 2'01" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 151 | Andreas Klier | a 18'37" | Germania | Cervélo Test Team |
| 19 | Andreas Klöden | a 4" | Germania | Astana |
| 15 | Andy Schleck | a 4" | Lussemburgo | Team Saxo Bank |
| 119 | Anthony Geslin | a 14'27" | Francia | Française des Jeux |
| 79 | Arnaud Coyot | a 4'44" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 148 | Benoît Vaugrenard | a 18'37" | Francia | Française des Jeux |
| 113 | Bernhard Eisel | a 14'27" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 115 | Bert Grabsch | a 14'27" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 114 | Bingen Fernández Bustinza | a 14'27" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 14 | Bradley Wiggins | a 4" | Belgio | Garmin - Slipstream |
| 80 | Brett Lancaster | a 4'44" | Australia | Cervélo Test Team |
| 72 | Brian Bach Vandborg | a 2'01" | Danimarca | Liquigas |
| 84 | Brice Feillu | a 6'31" | Francia | Agritubel |
| 63 | Cadel Evans | a 2'01" | Australia | Silence - Lotto |
| 91 | Carlos Barredo Llamazales | a 9'31" | Spagna | Quick Step |
| 68 | Carlos Sastre Candil | a 2'01" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 65 | Charles Wegelius | a 2'01" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 57 | Chris Anker Sørensen | a 2'01" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 33 | Christian Knees | a 4" | Germania | Team Milram |
| 34 | Christian Vande Velde | a 4" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 121 | Christophe Kern | a 14'27" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 9 | Christophe Le Mével | st | Francia | Française des Jeux |
