Mikel Astarloza, 16° di tappa a 4" da Cavendish e 10° nella generale a 12'38" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 91 | Jérôme Pineau | a 2h04'33" | Francia | Quick Step |
| 92 | Leonardo Fabio Duque | a 2h09'12" | Colombia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 93 | Christophe Riblon | a 2h11'34" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 94 | Thierry Hupond | a 2h14'03" | Francia | Skil - Shimano |
| 95 | Óscar Freire Gómez | a 2h14'14" | Spagna | Rabobank |
| 96 | Filippo Pozzato | a 2h14'28" | Italia | Team Katusha |
| 97 | Stijn Vandenbergh | a 2h15'41" | Belgio | Team Katusha |
| 98 | Juan Antonio Flecha Giannoni | a 2h17'34" | Argentina | Rabobank |
| 99 | Johan Vansummeren | a 2h18'11" | Belgio | Silence - Lotto |
| 100 | Sébastien Rosseler | a 2h18'11" | Belgio | Quick Step |
| 101 | Aliaksandr Kuchynski | a 2h18'31" | Bielorussia | Liquigas |
| 102 | Thor Hushovd | a 2h20'56" | Norvegia | Cervélo Test Team |
| 103 | Juan José Oroz Ugalde | a 2h21'06" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 104 | Jussi Veikkanen | a 2h21'19" | Finlandia | Française des Jeux |
| 105 | Bingen Fernández Bustinza | a 2h28'50" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 106 | Michael Rogers | a 2h29'29" | Australia | Team Columbia - High Road |
| 107 | Simon Spilak | a 2h30'21" | Slovenia | Lampre - N.G.C. |
| 108 | Matteo Tosatto | a 2h33'17" | Italia | Quick Step |
| 109 | Brian Bach Vandborg | a 2h34'46" | Danimarca | Liquigas |
| 110 | Mickaël Delage | a 2h36'32" | Francia | Silence - Lotto |
| 111 | Julian Dean | a 2h39'30" | Nuova Zelanda | Garmin - Slipstream |
| 112 | Nikolay Trusov | a 2h39'59" | Russia | Team Katusha |
| 113 | Koen De Kort | a 2h40'22" | Olanda | Skil - Shimano |
| 114 | Arnaud Coyot | a 2h40'26" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 115 | Fumiyuki Beppu | a 2h40'52" | Giappone | Skil - Shimano |
| 116 | Alessandro Vanotti | a 2h41'57" | Italia | Liquigas |
| 117 | Stuart O'Grady | a 2h43'16" | Australia | Team Saxo Bank |
| 118 | Simon Geschke | a 2h43'57" | Germania | Skil - Shimano |
| 119 | Markus Fothen | a 2h47'34" | Germania | Team Milram |
| 120 | Alexandre Pichot | a 2h47'53" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 91 | Carlos Barredo Llamazales | a 9'31" | Spagna | Quick Step |
| 92 | Koen De Kort | a 9'31" | Olanda | Skil - Shimano |
| 93 | Thierry Hupond | a 9'31" | Francia | Skil - Shimano |
| 94 | Albert Timmer | a 9'31" | Olanda | Skil - Shimano |
| 95 | Stijn Vandenbergh | a 9'31" | Belgio | Team Katusha |
| 96 | Nikolay Trusov | a 9'31" | Russia | Team Katusha |
| 97 | Juan Manuel Gárate Cepa | a 9'31" | Spagna | Rabobank |
| 98 | José Joaquín Rojas Gil | a 9'31" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 99 | Alexandre Pichot | a 9'31" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 100 | Marzio Bruseghin | a 9'31" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 101 | Daniele Righi | a 9'31" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 102 | Lloyd Mondory | a 9'31" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 103 | Iñigo Cuesta López De Castro | a 9'50" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 104 | Heinrich Haussler | a 9'50" | Australia | Cervélo Test Team |
| 105 | Mark Renshaw | a 14'27" | Australia | Team Columbia - High Road |
| 106 | Stuart O'Grady | a 14'27" | Australia | Team Saxo Bank |
| 107 | Alessandro Vanotti | a 14'27" | Italia | Liquigas |
| 108 | Fabio Sabatini | a 14'27" | Italia | Liquigas |
| 109 | Daniele Bennati | a 14'27" | Italia | Liquigas |
| 110 | Tyler Farrar | a 14'27" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 111 | Rubén Pérez Moreno | a 14'27" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 112 | Juan José Oroz Ugalde | a 14'27" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 113 | Bernhard Eisel | a 14'27" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 114 | Bingen Fernández Bustinza | a 14'27" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 115 | Bert Grabsch | a 14'27" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 116 | Staf Scheirlinckx | a 14'27" | Belgio | Silence - Lotto |
| 117 | Stéphane Augé | a 14'27" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 118 | Christophe Riblon | a 14'27" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 119 | Anthony Geslin | a 14'27" | Francia | Française des Jeux |
| 120 | Danny Pate | a 14'27" | Usa | Garmin - Slipstream |
