Mikel Astarloza, 16° di tappa a 4" da Cavendish e 10° nella generale a 12'38" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 61 | Laurens Ten Dam | a 1h25'59" | Olanda | Rabobank |
| 62 | Thomas Voeckler | a 1h27'58" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 63 | Geoffroy Lequatre | a 1h32'42" | Francia | Agritubel |
| 64 | Amaël Moinard | a 1h36'47" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 65 | David Zabriskie | a 1h36'55" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 66 | Juan Manuel Gárate Cepa | a 1h37'57" | Spagna | Rabobank |
| 67 | Nicolas Vogondy | a 1h38'03" | Francia | Agritubel |
| 68 | Johannes Fröhlinger | a 1h39'42" | Germania | Team Milram |
| 69 | Igor Antón Hernández | a 1h40'40" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 70 | Marzio Bruseghin | a 1h43'31" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 71 | José Luis Arrieta Lujambio | a 1h46'18" | Spagna | AG2R La Mondiale |
| 72 | David Arroyo Duran | a 1h46'40" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 73 | José Ivan Gutiérrez Palacios | a 1h48'28" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 74 | David Millar | a 1h49'11" | Malta | Garmin - Slipstream |
| 75 | Christophe Kern | a 1h49'24" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 76 | Joan Horrach Rippoll | a 1h49'54" | Spagna | Team Katusha |
| 77 | Frederik Willems | a 1h51'00" | Belgio | Liquigas |
| 78 | Maxime Bouet | a 1h51'00" | Francia | Agritubel |
| 79 | Iñigo Cuesta López De Castro | a 1h51'06" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 80 | Sebastian Lang | a 1h51'57" | Germania | Silence - Lotto |
| 81 | Rubén Pérez Moreno | a 1h52'11" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 82 | Joost Posthuma | a 1h57'07" | Olanda | Rabobank |
| 83 | José Joaquín Rojas Gil | a 1h57'38" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 84 | Greg Van Avermaet | a 1h58'08" | Belgio | Silence - Lotto |
| 85 | Fabian Cancellara | a 1h58'44" | Svizzera | Team Saxo Bank |
| 86 | Alessandro Ballan | a 2h01'11" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 87 | Stijn Devolder | a 2h02'42" | Belgio | Quick Step |
| 88 | Heinrich Haussler | a 2h03'24" | Australia | Cervélo Test Team |
| 89 | Hayden Roulston | a 2h03'29" | Nuova Zelanda | Cervélo Test Team |
| 90 | Martijn Maaskant | a 2h04'20" | Olanda | Garmin - Slipstream |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 61 | Sergio Miguel Moreira Paulinho | a 2'01" | Portogallo | Astana |
| 62 | Aliaksandr Kuchynski | a 2'01" | Bielorussia | Liquigas |
| 63 | Cadel Evans | a 2'01" | Australia | Silence - Lotto |
| 64 | Michael Rogers | a 2'01" | Australia | Team Columbia - High Road |
| 65 | Charles Wegelius | a 2'01" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 66 | David Loosli | a 2'01" | Svizzera | Lampre - N.G.C. |
| 67 | Matteo Tosatto | a 2'01" | Italia | Quick Step |
| 68 | Carlos Sastre Candil | a 2'01" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 69 | Amaël Moinard | a 2'01" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 70 | Sylvain Chavanel | a 2'01" | Francia | Quick Step |
| 71 | Rémi Pauriol | a 2'01" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 72 | Brian Bach Vandborg | a 2'01" | Danimarca | Liquigas |
| 73 | Haimar Zubeldia Agirre | a 2'01" | Spagna | Astana |
| 74 | Volodymir Gustov | a 2'01" | Ucraina | Cervélo Test Team |
| 75 | Johannes Fröhlinger | a 2'01" | Germania | Team Milram |
| 76 | Yury Trofimov | a 2'01" | Russia | Bbox Bouygues Telecom |
| 77 | Pierrick Fédrigo | a 2'01" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 78 | Thomas Voeckler | a 2'10" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 79 | Arnaud Coyot | a 4'44" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 80 | Brett Lancaster | a 4'44" | Australia | Cervélo Test Team |
| 81 | David Moncoutié | a 4'44" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 82 | Denis Menchov | a 5'05" | Russia | Rabobank |
| 83 | Simon Geschke | a 5'17" | Germania | Skil - Shimano |
| 84 | Brice Feillu | a 6'31" | Francia | Agritubel |
| 85 | Steven De Jongh | a 6'31" | Olanda | Quick Step |
| 86 | Saïd Haddou | a 6'31" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 87 | Nicolas Vogondy | a 7'12" | Francia | Agritubel |
| 88 | Yaroslav Popovych | a 9'31" | Ucraina | Astana |
| 89 | Franco Pellizotti | a 9'31" | Italia | Liquigas |
| 90 | Johan Vansummeren | a 9'31" | Belgio | Silence - Lotto |
