Mikel Astarloza, 16° di tappa a 4" da Cavendish e 10° nella generale a 12'38" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 31 | Hubert Dupont | a 42'16" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 32 | Peter Velits | a 42'50" | Slovacchia | Team Milram |
| 33 | Chris Anker Sørensen | a 44'43" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 34 | Sergio Miguel Moreira Paulinho | a 46'46" | Portogallo | Astana |
| 35 | Egoi Martínez de Esteban | a 48'40" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 36 | Yaroslav Popovych | a 48'44" | Ucraina | Astana |
| 37 | Luis Pasamontes Rodríguez | a 50'20" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 38 | Laurent Lefèvre | a 51'55" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 39 | Serguei Ivanov | a 52'54" | Russia | Team Katusha |
| 40 | Sébastien Minard | a 53'04" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 41 | Rigoberto Urán Urán | a 55'09" | Colombia | Caisse d'Epargne |
| 42 | Franco Pellizotti | a 55'15" | Italia | Liquigas |
| 43 | Tony Martin | a 55'39" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 44 | Rémi Pauriol | a 56'22" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 45 | Gustav Erik Larsson | a 57'20" | Svezia | Team Saxo Bank |
| 46 | Denis Menchov | a 57'48" | Russia | Rabobank |
| 47 | Volodymir Gustov | a 59'17" | Ucraina | Cervélo Test Team |
| 48 | Jérémy Roy | a 59'49" | Francia | Française des Jeux |
| 49 | Kim Kirchen | a 1h01'07" | Lussemburgo | Team Columbia - High Road |
| 50 | Matthew Lloyd | a 1h03'26" | Australia | Silence - Lotto |
| 51 | Yury Trofimov | a 1h03'59" | Russia | Bbox Bouygues Telecom |
| 52 | Ryder Hesjedal | a 1h08'34" | Canada | Garmin - Slipstream |
| 53 | David Loosli | a 1h12'31" | Svizzera | Lampre - N.G.C. |
| 54 | Carlos Barredo Llamazales | a 1h13'19" | Spagna | Quick Step |
| 55 | Grischa Niermann | a 1h14'32" | Germania | Rabobank |
| 56 | Pierrick Fédrigo | a 1h18'40" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 57 | Charles Wegelius | a 1h21'40" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 58 | David Moncoutié | a 1h21'52" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 59 | Gorka Verdugo Marcotegui | a 1h22'59" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 60 | Sylvain Calzati | a 1h23'10" | Francia | Agritubel |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 31 | Gorka Verdugo Marcotegui | a 4" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 32 | Peter Velits | a 4" | Slovacchia | Team Milram |
| 33 | Christian Knees | a 4" | Germania | Team Milram |
| 34 | Christian Vande Velde | a 4" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 35 | Egoi Martínez de Esteban | a 4" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 36 | Luis León Sánchez Gil | a 4" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 37 | Rigoberto Urán Urán | a 4" | Colombia | Caisse d'Epargne |
| 38 | Matthew Lloyd | a 4" | Australia | Silence - Lotto |
| 39 | Frederik Willems | a 12" | Belgio | Liquigas |
| 40 | Linus Gerdemann | a 12" | Germania | Team Milram |
| 41 | George Hincapie | a 12" | Usa | Team Columbia - High Road |
| 42 | Maxime Monfort | a 32" | Belgio | Team Columbia - High Road |
| 43 | Laurent Lefèvre | a 45" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 44 | Alessandro Ballan | a 1'10" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 45 | Sébastien Minard | a 1'15" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 46 | Hubert Dupont | a 1'15" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 47 | Sylvain Calzati | a 1'15" | Francia | Agritubel |
| 48 | William Bonnet | a 1'15" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 49 | Hayden Roulston | a 1'15" | Nuova Zelanda | Cervélo Test Team |
| 50 | Pierre Rolland | a 2'01" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 51 | Joan Horrach Rippoll | a 2'01" | Spagna | Team Katusha |
| 52 | Luis Pasamontes Rodríguez | a 2'01" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 53 | Ryder Hesjedal | a 2'01" | Canada | Garmin - Slipstream |
| 54 | Yukiya Arashiro | a 2'01" | Giappone | Bbox Bouygues Telecom |
| 55 | Mickaël Delage | a 2'01" | Francia | Silence - Lotto |
| 56 | Filippo Pozzato | a 2'01" | Italia | Team Katusha |
| 57 | Chris Anker Sørensen | a 2'01" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 58 | Nicki Sørensen | a 2'01" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 59 | Julian Dean | a 2'01" | Nuova Zelanda | Garmin - Slipstream |
| 60 | Jérémy Roy | a 2'01" | Francia | Française des Jeux |
