Mikel Astarloza, 1° di tappa in 4h14'20" e 11° nella generale a 4'38" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 91 | Alessandro Ballan | a 1h25'42" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 92 | Cyril Dessel | a 1h27'12" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 93 | Jérôme Pineau | a 1h29'24" | Francia | Quick Step |
| 94 | Stijn Devolder | a 1h29'42" | Belgio | Quick Step |
| 95 | Thierry Hupond | a 1h29'59" | Francia | Skil - Shimano |
| 96 | Martijn Maaskant | a 1h31'41" | Olanda | Garmin - Slipstream |
| 97 | Juan José Oroz Ugalde | a 1h32'05" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 98 | Juan Antonio Flecha Giannoni | a 1h32'16" | Argentina | Rabobank |
| 99 | Johan Vansummeren | a 1h33'10" | Belgio | Silence - Lotto |
| 100 | Leonardo Fabio Duque | a 1h34'02" | Colombia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 101 | Filippo Pozzato | a 1h37'07" | Italia | Team Katusha |
| 102 | Aliaksandr Kuchynski | a 1h37'35" | Bielorussia | Liquigas |
| 103 | Bingen Fernández Bustinza | a 1h37'57" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 104 | Óscar Freire Gómez | a 1h38'16" | Spagna | Rabobank |
| 105 | Simon Spilak | a 1h38'25" | Slovenia | Lampre - N.G.C. |
| 106 | Sébastien Rosseler | a 1h40'56" | Belgio | Quick Step |
| 107 | Jussi Veikkanen | a 1h41'19" | Finlandia | Française des Jeux |
| 108 | Alessandro Vanotti | a 1h45'23" | Italia | Liquigas |
| 109 | Thor Hushovd | a 1h45'54" | Norvegia | Cervélo Test Team |
| 110 | Stijn Vandenbergh | a 1h48'25" | Belgio | Team Katusha |
| 111 | Stuart O'Grady | a 1h49'45" | Australia | Team Saxo Bank |
| 112 | Matteo Tosatto | a 1h49'53" | Italia | Quick Step |
| 113 | Michael Rogers | a 1h50'07" | Australia | Team Columbia - High Road |
| 114 | Markus Fothen | a 1h50'42" | Germania | Team Milram |
| 115 | Brian Bach Vandborg | a 1h54'44" | Danimarca | Liquigas |
| 116 | Arnaud Coyot | a 1h55'19" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 117 | Nikolay Trusov | a 1h56'34" | Russia | Team Katusha |
| 118 | Koen De Kort | a 1h57'45" | Olanda | Skil - Shimano |
| 119 | Stef Clement | a 1h59'35" | Olanda | Rabobank |
| 120 | Mickaël Delage | a 2h01'15" | Francia | Silence - Lotto |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 91 | Mikhail Ignatiev | a 24'09" | Russia | Team Katusha |
| 92 | Alessandro Ballan | a 24'09" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 93 | Juan Antonio Flecha Giannoni | a 24'09" | Argentina | Rabobank |
| 94 | Marco Bandiera | a 24'09" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 95 | Koen De Kort | a 24'09" | Olanda | Skil - Shimano |
| 96 | Sébastien Rosseler | a 24'09" | Belgio | Quick Step |
| 97 | Stef Clement | a 24'09" | Olanda | Rabobank |
| 98 | Nikolay Trusov | a 24'09" | Russia | Team Katusha |
| 99 | Amets Txurruka Ansola | a 24'09" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 100 | Alan Pérez Lezaun | a 24'09" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 101 | Saïd Haddou | a 24'09" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 102 | Filippo Pozzato | a 24'09" | Italia | Team Katusha |
| 103 | Mauro Santambrogio | a 24'09" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 104 | Juan José Oroz Ugalde | a 24'09" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 105 | Johan Vansummeren | a 24'09" | Belgio | Silence - Lotto |
| 106 | Hayden Roulston | a 24'09" | Nuova Zelanda | Cervélo Test Team |
| 107 | Aliaksandr Kuchynski | a 24'09" | Bielorussia | Liquigas |
| 108 | Alexandre Pichot | a 24'09" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 109 | Juan Manuel Gárate Cepa | a 24'09" | Spagna | Rabobank |
| 110 | Bingen Fernández Bustinza | a 24'09" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 111 | Jérôme Pineau | a 24'09" | Francia | Quick Step |
| 112 | Grégory Rast | a 24'09" | Svizzera | Astana |
| 113 | Maxime Monfort | a 24'09" | Belgio | Team Columbia - High Road |
| 114 | Dmitriy Muravyev | a 24'09" | Kazakistan | Astana |
| 115 | William Bonnet | a 24'09" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 116 | Michael Rogers | a 24'09" | Australia | Team Columbia - High Road |
| 117 | Stuart O'Grady | a 24'09" | Australia | Team Saxo Bank |
| 118 | Fabian Cancellara | a 24'09" | Svizzera | Team Saxo Bank |
| 119 | Frederik Willems | a 24'09" | Belgio | Liquigas |
| 120 | Anthony Geslin | a 24'09" | Francia | Française des Jeux |
