Mikel Astarloza, 1° di tappa in 4h14'20" e 11° nella generale a 4'38" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 31 | Nicki Sørensen | a 18'25" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 32 | Sylvain Chavanel | a 18'44" | Francia | Quick Step |
| 33 | Tony Martin | a 18'48" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 34 | Volodymir Gustov | a 21'23" | Ucraina | Cervélo Test Team |
| 35 | Chris Anker Sørensen | a 21'35" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 36 | Sergio Miguel Moreira Paulinho | a 22'02" | Portogallo | Astana |
| 37 | Yury Trofimov | a 22'32" | Russia | Bbox Bouygues Telecom |
| 38 | Jérémy Roy | a 23'24" | Francia | Française des Jeux |
| 39 | Franco Pellizotti | a 23'38" | Italia | Liquigas |
| 40 | Gustav Erik Larsson | a 27'04" | Svezia | Team Saxo Bank |
| 41 | Denis Menchov | a 27'04" | Russia | Rabobank |
| 42 | Hubert Dupont | a 27'39" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 43 | Maxime Monfort | a 27'54" | Belgio | Team Columbia - High Road |
| 44 | Laurent Lefèvre | a 30'44" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 45 | Christophe Moreau | a 32'12" | Francia | Agritubel |
| 46 | Luis Pasamontes Rodríguez | a 32'17" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 47 | Egoi Martínez de Esteban | a 32'57" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 48 | Laurens Ten Dam | a 33'04" | Olanda | Rabobank |
| 49 | David Moncoutié | a 35'28" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 50 | Serguei Ivanov | a 38'33" | Russia | Team Katusha |
| 51 | Sébastien Minard | a 39'19" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 52 | Rigoberto Urán Urán | a 40'55" | Colombia | Caisse d'Epargne |
| 53 | Grischa Niermann | a 41'02" | Germania | Rabobank |
| 54 | Igor Antón Hernández | a 41'49" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 55 | Pierrick Fédrigo | a 43'37" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 56 | Rémi Pauriol | a 44'16" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 57 | Amets Txurruka Ansola | a 44'34" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 58 | Charles Wegelius | a 44'42" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 59 | Nicolas Vogondy | a 50'05" | Francia | Agritubel |
| 60 | Carlos Barredo Llamazales | a 50'50" | Spagna | Quick Step |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 31 | Thomas Voeckler | a 3'49" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 32 | Sébastien Minard | a 3'49" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 33 | Linus Gerdemann | a 3'49" | Germania | Team Milram |
| 34 | Serguei Ivanov | a 3'49" | Russia | Team Katusha |
| 35 | Rubén Pérez Moreno | a 3'49" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 36 | David Loosli | a 3'49" | Svizzera | Lampre - N.G.C. |
| 37 | Rinaldo Nocentini | a 3'49" | Italia | AG2R La Mondiale |
| 38 | Hubert Dupont | a 3'49" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 39 | Simon Spilak | a 3'49" | Slovenia | Lampre - N.G.C. |
| 40 | Yaroslav Popovych | a 3'49" | Ucraina | Astana |
| 41 | Pierre Rolland | a 3'49" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 42 | Alexandre Botcharov | a 3'49" | Russia | Team Katusha |
| 43 | Jérémy Roy | a 3'49" | Francia | Française des Jeux |
| 44 | Luis Pasamontes Rodríguez | a 3'49" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 45 | Cadel Evans | a 3'49" | Australia | Silence - Lotto |
| 46 | Haimar Zubeldia Agirre | a 3'49" | Spagna | Astana |
| 47 | Sylvain Chavanel | a 3'49" | Francia | Quick Step |
| 48 | Volodymir Gustov | a 3'49" | Ucraina | Cervélo Test Team |
| 49 | Peter Velits | a 3'49" | Slovacchia | Team Milram |
| 50 | Joan Horrach Rippoll | a 3'49" | Spagna | Team Katusha |
| 51 | Carlos Barredo Llamazales | a 3'49" | Spagna | Quick Step |
| 52 | Charles Wegelius | a 3'49" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 53 | Brice Feillu | a 3'49" | Francia | Agritubel |
| 54 | Luis León Sánchez Gil | a 3'49" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 55 | Iñigo Cuesta López De Castro | a 3'49" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 56 | Sergio Miguel Moreira Paulinho | a 3'49" | Portogallo | Astana |
| 57 | Nicolas Vogondy | a 3'49" | Francia | Agritubel |
| 58 | Chris Anker Sørensen | a 10'22" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 59 | José Luis Arrieta Lujambio | a 10'36" | Spagna | AG2R La Mondiale |
| 60 | Grischa Niermann | a 10'36" | Germania | Rabobank |
