Mikel Astarloza, 18° di tappa a 2'44" da Garate e 11° nella generale a 14'44" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 61 | Juan Manuel Gárate Cepa | a 1h37'19" | Spagna | Rabobank |
| 62 | Carlos Barredo Llamazales | a 1h38'30" | Spagna | Quick Step |
| 63 | Geoffroy Lequatre | a 1h40'09" | Francia | Agritubel |
| 64 | Amaël Moinard | a 1h41'54" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 65 | Igor Antón Hernández | a 1h44'39" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 66 | Thomas Voeckler | a 1h47'18" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 67 | Nicolas Vogondy | a 1h50'42" | Francia | Agritubel |
| 68 | David Arroyo Duran | a 1h51'52" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 69 | Maxime Bouet | a 1h53'04" | Francia | Agritubel |
| 70 | José Ivan Gutiérrez Palacios | a 1h54'08" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 71 | Rubén Pérez Moreno | a 1h57'29" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 72 | Joost Posthuma | a 1h58'25" | Olanda | Rabobank |
| 73 | Joan Horrach Rippoll | a 1h58'52" | Spagna | Team Katusha |
| 74 | Christophe Kern | a 1h58'58" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 75 | Sebastian Lang | a 2h00'52" | Germania | Silence - Lotto |
| 76 | David Zabriskie | a 2h02'06" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 77 | Johannes Fröhlinger | a 2h04'53" | Germania | Team Milram |
| 78 | Hayden Roulston | a 2h07'58" | Nuova Zelanda | Cervélo Test Team |
| 79 | Marzio Bruseghin | a 2h08'42" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 80 | José Luis Arrieta Lujambio | a 2h11'29" | Spagna | AG2R La Mondiale |
| 81 | Christophe Riblon | a 2h12'43" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 82 | Stijn Devolder | a 2h13'56" | Belgio | Quick Step |
| 83 | José Joaquín Rojas Gil | a 2h14'16" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 84 | David Millar | a 2h14'34" | Malta | Garmin - Slipstream |
| 85 | Frederik Willems | a 2h16'11" | Belgio | Liquigas |
| 86 | Iñigo Cuesta López De Castro | a 2h16'17" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 87 | Jérôme Pineau | a 2h17'36" | Francia | Quick Step |
| 88 | Greg Van Avermaet | a 2h20'14" | Belgio | Silence - Lotto |
| 89 | Thierry Hupond | a 2h22'58" | Francia | Skil - Shimano |
| 90 | Fabian Cancellara | a 2h23'55" | Svizzera | Team Saxo Bank |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 61 | Pierrick Fédrigo | a 8'05" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 62 | Charles Wegelius | a 8'05" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 63 | Serguei Ivanov | a 8'05" | Russia | Team Katusha |
| 64 | Samuel Dumoulin | a 8'35" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 65 | Laurens Ten Dam | a 9'14" | Olanda | Rabobank |
| 66 | Brice Feillu | a 9'27" | Francia | Agritubel |
| 67 | Sebastian Lang | a 9'33" | Germania | Silence - Lotto |
| 68 | Thierry Hupond | a 9'33" | Francia | Skil - Shimano |
| 69 | Volodymir Gustov | a 9'36" | Ucraina | Cervélo Test Team |
| 70 | Carlos Sastre Candil | a 9'36" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 71 | David Loosli | a 9'36" | Svizzera | Lampre - N.G.C. |
| 72 | Joan Horrach Rippoll | a 9'36" | Spagna | Team Katusha |
| 73 | Christophe Kern | a 10'12" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 74 | Laurent Lefèvre | a 10'12" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 75 | Jérémy Roy | a 10'12" | Francia | Française des Jeux |
| 76 | Staf Scheirlinckx | a 11'29" | Belgio | Silence - Lotto |
| 77 | Stijn Vandenbergh | a 11'31" | Belgio | Team Katusha |
| 78 | Stijn Devolder | a 11'52" | Belgio | Quick Step |
| 79 | Simon Geschke | a 12'09" | Germania | Skil - Shimano |
| 80 | Yaroslav Popovych | a 13'02" | Ucraina | Astana |
| 81 | Michael Rogers | a 13'17" | Australia | Team Columbia - High Road |
| 82 | Nicolas Vogondy | a 13'17" | Francia | Agritubel |
| 83 | Stef Clement | a 13'21" | Olanda | Rabobank |
| 84 | Gorka Verdugo Marcotegui | a 13'28" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 85 | William Bonnet | a 13'37" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 86 | Koen De Kort | a 13'41" | Olanda | Skil - Shimano |
| 87 | Jérôme Pineau | a 13'41" | Francia | Quick Step |
| 88 | Alexandre Pichot | a 14'10" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 89 | Cyril Lemoine | a 14'10" | Francia | Skil - Shimano |
| 90 | Stéphane Augé | a 14'24" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
