Mikel Astarloza, 81° di tappa a 7" da Voeckler e 33° nella generale a 2'54" da Cancellara, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 9 | David Zabriskie | a 1'06" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 10 | David Millar | a 1'07" | Malta | Garmin - Slipstream |
| 11 | Sergio Miguel Moreira Paulinho | a 1'16" | Portogallo | Astana |
| 12 | Christian Vande Velde | a 1'16" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 13 | Gustav Erik Larsson | a 1'22" | Svezia | Team Saxo Bank |
| 14 | Maxime Monfort | a 1'29" | Belgio | Team Columbia - High Road |
| 15 | Roman Kreuziger | a 1'31" | Repubblica Ceca | Liquigas |
| 16 | Michael Rogers | a 1'32" | Australia | Team Columbia - High Road |
| 17 | George Hincapie | a 1'36" | Usa | Team Columbia - High Road |
| 18 | Yaroslav Popovych | a 1'36" | Ucraina | Astana |
| 19 | Vincenzo Nibali | a 1'36" | Italia | Liquigas |
| 20 | Andy Schleck | a 1'41" | Lussemburgo | Team Saxo Bank |
| 21 | Ryder Hesjedal | a 1'46" | Canada | Garmin - Slipstream |
| 165 | Romain Feillu | a 10'07" | Francia | Agritubel |
| 166 | Bernhard Eisel | a 10'09" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 167 | Angelo Furlan | a 10'40" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 168 | Danny Pate | a 11'07" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 169 | Daniele Righi | a 11'08" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 170 | Albert Timmer | a 11'09" | Olanda | Skil - Shimano |
| 171 | Staf Scheirlinckx | a 12'09" | Belgio | Silence - Lotto |
| 172 | Robert Gesink | a 13'04" | Olanda | Rabobank |
| 173 | Grischa Niermann | a 13'44" | Germania | Rabobank |
| 174 | Yauheni Hutarovich | a 14'35" | Bielorussia | Française des Jeux |
| 175 | Andreas Klier | a 15'30" | Germania | Cervélo Test Team |
| 3 | Alberto Contador Velasco | a 19" | Spagna | Astana |
| 176 | Dmitriy Muravyev | a 19'31" | Kazakistan | Astana |
| 22 | Jens Voigt | a 2'03" | Germania | Team Saxo Bank |
| 23 | Kurt-Asle Arvesen | a 2'05" | Norvegia | Team Saxo Bank |
| 24 | Kim Kirchen | a 2'16" | Lussemburgo | Team Columbia - High Road |
| 25 | Fränk Schleck | a 2'17" | Lussemburgo | Team Saxo Bank |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 170 | Bernhard Eisel | a 1'22" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 171 | Jonathan Hivert | a 1'22" | Francia | Skil - Shimano |
| 172 | Christophe Kern | a 1'22" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 173 | Maxime Bouet | a 1'22" | Francia | Agritubel |
| 174 | Niki Terpstra | a 1'47" | Olanda | Team Milram |
| 175 | Danny Pate | a 1'55" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 156 | Matteo Tosatto | a 26" | Italia | Quick Step |
| 157 | Joost Posthuma | a 29" | Olanda | Rabobank |
| 158 | Iñigo Cuesta López De Castro | a 29" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 159 | Cyril Lemoine | a 33" | Francia | Skil - Shimano |
| 160 | Simon Geschke | a 33" | Germania | Skil - Shimano |
| 161 | Yury Trofimov | a 37" | Russia | Bbox Bouygues Telecom |
| 162 | Sébastien Joly | a 37" | Francia | Française des Jeux |
| 163 | Anthony Geslin | a 37" | Francia | Française des Jeux |
| 164 | Nicolas Vogondy | a 37" | Francia | Agritubel |
| 165 | Alessandro Vanotti | a 37" | Italia | Liquigas |
| 166 | Matthew Lloyd | a 37" | Australia | Silence - Lotto |
| 167 | Daniele Bennati | a 37" | Italia | Liquigas |
| 168 | Johannes Fröhlinger | a 37" | Germania | Team Milram |
| 169 | Daniele Righi | a 37" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 2 | Mikhail Ignatiev | a 7" | Russia | Team Katusha |
| 3 | Mark Cavendish | a 7" | Gran Bretagna | Team Columbia - High Road |
| 4 | Tyler Farrar | a 7" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 5 | Gerald Ciolek | a 7" | Germania | Team Milram |
| 6 | Danilo Napolitano | a 7" | Italia | Team Katusha |
| 7 | José Joaquín Rojas Gil | a 7" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 8 | Lloyd Mondory | a 7" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 9 | Óscar Freire Gómez | a 7" | Spagna | Rabobank |
| 10 | Thor Hushovd | a 7" | Norvegia | Cervélo Test Team |
| 11 | Angelo Furlan | a 7" | Italia | Lampre - N.G.C. |
