Mikel Astarloza, 81° di tappa a 7" da Voeckler e 33° nella generale a 2'54" da Cancellara, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 177 | Alan Pérez Lezaun | a 22'10" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 170 | Albert Timmer | a 11'09" | Olanda | Skil - Shimano |
| 3 | Alberto Contador Velasco | a 19" | Spagna | Astana |
| 91 | Alessandro Ballan | a 4'35" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 97 | Alessandro Vanotti | a 4'53" | Italia | Liquigas |
| 69 | Alexandre Botcharov | a 3'51" | Russia | Team Katusha |
| 140 | Alexandre Pichot | a 6'57" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 67 | Aliaksandr Kuchynski | a 3'47" | Bielorussia | Liquigas |
| 113 | Amaël Moinard | a 5'28" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 94 | Amets Txurruka Ansola | a 4'49" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 175 | Andreas Klier | a 15'30" | Germania | Cervélo Test Team |
| 4 | Andreas Klöden | a 23" | Germania | Astana |
| 20 | Andy Schleck | a 1'41" | Lussemburgo | Team Saxo Bank |
| 167 | Angelo Furlan | a 10'40" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 116 | Anthony Geslin | a 5'39" | Francia | Française des Jeux |
| 142 | Arnaud Coyot | a 7'08" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 95 | Benoît Vaugrenard | a 4'50" | Francia | Française des Jeux |
| 166 | Bernhard Eisel | a 10'09" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 32 | Bert Grabsch | a 2'51" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 121 | Bingen Fernández Bustinza | a 6'03" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 6 | Bradley Wiggins | a 38" | Belgio | Garmin - Slipstream |
| 57 | Brett Lancaster | a 3'28" | Australia | Cervélo Test Team |
| 26 | Brian Bach Vandborg | a 2'25" | Danimarca | Liquigas |
| 144 | Brice Feillu | a 7'15" | Francia | Agritubel |
| 34 | Cadel Evans | a 2'59" | Australia | Silence - Lotto |
| 72 | Carlos Barredo Llamazales | a 3'55" | Spagna | Quick Step |
| 29 | Carlos Sastre Candil | a 2'44" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 153 | Charles Wegelius | a 8'09" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 61 | Chris Anker Sørensen | a 3'36" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 89 | Christian Knees | a 4'32" | Germania | Team Milram |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 148 | Alan Pérez Lezaun | a 7" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 15 | Albert Timmer | a 7" | Olanda | Skil - Shimano |
| 39 | Alberto Contador Velasco | a 7" | Spagna | Astana |
| 94 | Alessandro Ballan | a 7" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 165 | Alessandro Vanotti | a 37" | Italia | Liquigas |
| 50 | Alexandre Botcharov | a 7" | Russia | Team Katusha |
| 81 | Alexandre Pichot | a 7" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 54 | Aliaksandr Kuchynski | a 7" | Bielorussia | Liquigas |
| 111 | Amaël Moinard | a 7" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 146 | Amets Txurruka Ansola | a 7" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 78 | Andreas Klier | a 7" | Germania | Cervélo Test Team |
| 17 | Andreas Klöden | a 7" | Germania | Astana |
| 36 | Andy Schleck | a 7" | Lussemburgo | Team Saxo Bank |
| 11 | Angelo Furlan | a 7" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 163 | Anthony Geslin | a 37" | Francia | Française des Jeux |
| 74 | Arnaud Coyot | a 7" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 114 | Benoît Vaugrenard | a 7" | Francia | Française des Jeux |
| 170 | Bernhard Eisel | a 1'22" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 104 | Bert Grabsch | a 7" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 135 | Bingen Fernández Bustinza | a 7" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 48 | Bradley Wiggins | a 7" | Belgio | Garmin - Slipstream |
| 43 | Brett Lancaster | a 7" | Australia | Cervélo Test Team |
| 35 | Brian Bach Vandborg | a 7" | Danimarca | Liquigas |
| 45 | Brice Feillu | a 7" | Francia | Agritubel |
| 33 | Cadel Evans | a 7" | Australia | Silence - Lotto |
| 58 | Carlos Barredo Llamazales | a 7" | Spagna | Quick Step |
| 56 | Carlos Sastre Candil | a 7" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 151 | Charles Wegelius | a 7" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 130 | Chris Anker Sørensen | a 7" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 84 | Christian Knees | a 7" | Germania | Team Milram |
