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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 100 | Andre Fernando Santos Martins Cardoso | a 1'13" | Portogallo | Fercase - Rota dos Móveis |
| 101 | Ángel Vicioso Arcos | a 1'23" | Spagna | LA Aluminios - MSS |
| 102 | Gianni Meersman | a 1'25" | Belgio | Française des Jeux |
| 103 | Koldo Gil Pérez | a 1'25" | Spagna | Liberty Seguros |
| 112 | Candido Joaquim Venda Moreira Barbosa | a 10'06" | Portogallo | Benfica |
| 113 | Bruno Miguel Castanheira Gomes | a 10'06" | Portogallo | Benfica |
| 2 | Tomas Vaitkus | a 11" | Lituania | Astana |
| 114 | Enrico Poitschke | a 15'01" | Germania | Team Milram |
| 115 | Carlos Manuel Pinho Olivera | a 15'01" | Portogallo | Barbot - Siper |
| 116 | Sergio Ferreira Sousa | a 15'01" | Portogallo | Madeinox Boavista |
| 117 | Claudio Filipe Pedro Apolo | a 15'01" | Portogallo | Palmeiras Resort - Tavira |
| 118 | Diego Caccia | a 15'01" | Italia | Barloworld |
| 119 | Dmitriy Muravyev | a 15'01" | Kazakistan | Astana |
| 120 | Célio Cristiano Alves Sousa | a 15'01" | Portogallo | Madeinox Boavista |
| 121 | Bruno Antonio Ferreira Pinto | a 15'01" | Portogallo | Barbot - Siper |
| 122 | Félix Rafael Cárdenas Ravalo | a 15'01" | Colombia | Barloworld |
| 123 | Stanislav Kozubek | a 15'21" | Repubblica Ceca | PSK Whirlpool - Author |
| 124 | Alexandre Candido Oliveira | a 16'29" | Portogallo | Centro Ciclismo de Loulé |
| 125 | Stefan Van Dijk | a 19'22" | Olanda | Mitsubishi - Jartazi |
| 126 | Mathieu Heijboer | a 19'22" | Olanda | Cofidis, le Crédit par Télephone |
| 127 | Artur Gajek | a 19'22" | Polonia | Team Milram |
| 128 | David Vaz de Matos | a 19'22" | Portogallo | Fercase - Rota dos Móveis |
| 129 | Hugo Manuel Vitor Izidoro | a 19'22" | Portogallo | Centro Ciclismo de Loulé |
| 130 | Christopher Froome | a 19'22" | Kenya | Barloworld |
| 131 | Tomas Buchacek | a 19'22" | Repubblica Ceca | PSK Whirlpool - Author |
| 132 | Tom Stubbe | a 19'33" | Belgio | Française des Jeux |
| 104 | Jarno Van Mingeroet | a 2'23" | Belgio | Mitsubishi - Jartazi |
| 3 | Jürgen Roelandts | a 21" | Belgio | Silence - Lotto |
| 133 | Antonio Cosme Fraile | a 21'09" | Spagna | Madeinox Boavista |
| 134 | Bruno José Pereira Barbosa | a 21'19" | Portogallo | Fercase - Rota dos Móveis |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 105 | Gianni Meersman | a 1'03" | Belgio | Française des Jeux |
| 106 | Bernhard Eisel | a 1'03" | Austria | High Road |
| 114 | Alexandre Candido Oliveira | a 14'34" | Portogallo | Centro Ciclismo de Loulé |
| 115 | Bruno Antonio Ferreira Pinto | a 14'34" | Portogallo | Barbot - Siper |
| 116 | Félix Rafael Cárdenas Ravalo | a 14'34" | Colombia | Barloworld |
| 117 | Diego Caccia | a 14'34" | Italia | Barloworld |
| 118 | Tom Stubbe | a 14'34" | Belgio | Française des Jeux |
| 119 | Dmitriy Muravyev | a 14'34" | Kazakistan | Astana |
| 120 | Claudio Filipe Pedro Apolo | a 14'34" | Portogallo | Palmeiras Resort - Tavira |
| 121 | Carlos Manuel Pinho Olivera | a 14'34" | Portogallo | Barbot - Siper |
| 122 | Sergio Ferreira Sousa | a 14'34" | Portogallo | Madeinox Boavista |
| 123 | Enrico Poitschke | a 14'34" | Germania | Team Milram |
| 124 | Célio Cristiano Alves Sousa | a 14'34" | Portogallo | Madeinox Boavista |
| 125 | Stanislav Kozubek | a 14'34" | Repubblica Ceca | PSK Whirlpool - Author |
| 126 | Stephen Gallagher | a 14'34" | Irlanda del Nord | An Post - M. Donnelly - Grant Thornton - Sean Kelly Team |
| 127 | Geert Omloop | a 14'34" | Belgio | Mitsubishi - Jartazi |
| 128 | David Vaz de Matos | a 18'55" | Portogallo | Fercase - Rota dos Móveis |
| 129 | Hugo Manuel Vitor Izidoro | a 18'55" | Portogallo | Centro Ciclismo de Loulé |
| 130 | Claudio Filipe Moreira Paulinho | a 18'55" | Portogallo | Centro Ciclismo de Loulé |
| 131 | Tomas Buchacek | a 18'55" | Repubblica Ceca | PSK Whirlpool - Author |
| 132 | Artur Gajek | a 18'55" | Polonia | Team Milram |
| 133 | Christopher Froome | a 18'55" | Kenya | Barloworld |
| 134 | Stefan Van Dijk | a 18'55" | Olanda | Mitsubishi - Jartazi |
| 135 | Mathieu Heijboer | a 18'55" | Olanda | Cofidis, le Crédit par Télephone |
| 107 | Pablo Urtasun Pérez | a 2'18" | Spagna | Liberty Seguros |
| 108 | Christophe Mengin | a 2'34" | Francia | Française des Jeux |
| 136 | Preben Van Hecke | a 20'51" | Belgio | Topsport Vlaanderen |
| 137 | Kenny Lisabeth | a 20'53" | Belgio | An Post - M. Donnelly - Grant Thornton - Sean Kelly Team |
| 138 | Christian Müller | a 20'53" | Germania | An Post - M. Donnelly - Grant Thornton - Sean Kelly Team |
| 139 | Servais Knaven | a 20'53" | Olanda | High Road |
