| 1 | Sergio Miguel Vieira Ribeiro | in 27h56'20" | Portogallo | Barbot - Efapel |
| 2 | Hernâni Brôco | a 14" | Portogallo | LA - Antarte |
| 3 | Andre Fernando Santos Martins Cardoso | a 28" | Portogallo | Tavira - Prio |
| 4 | Ricardo Mestre | a 30" | Portogallo | Tavira - Prio |
| 5 | Virgilio Martins Dos Santos | a 39" | Portogallo | LA - Antarte |
| 6 | Nelson Nuno Sequeira Vitorino | a 44" | Portogallo | Tavira - Prio |
| 7 | Alessandro Bisolti | a 51" | Italia | Farnese Vini - Neri Sottoli |
| 8 | Sergio Ferreira Sousa | a 59" | Portogallo | Barbot - Efapel |
| 9 | Rui Miguel Sousa Barbosa | a 1'04" | Portogallo | Barbot - Efapel |
| 10 | Ricardo Vilela | a 1'06" | Portogallo | Onda |
| 11 | Daniel Eduardo Moreira Silva | a 1'18" | Portogallo | Onda |
| 12 | Garikoitz Bravo Oiarbide | a 1'21" | Spagna | Caja Rural |
| 13 | Bruno Duarte Ferreira Silva | a 1'42" | Portogallo | LA - Antarte |
| 14 | Sergey Firsanov | a 1'45" | Russia | Itera - Katusha |
| 15 | Julien Antomarchi | a 1'53" | Francia | Velo-Club La Pomme Marseille |
| 16 | João Paulo Costa Cabreira | a 2'16" | Portogallo | Onda |
| 17 | Delio Fernández Cruz | a 2'23" | Spagna | Onda |
| 18 | Vicente David Bernabéu Armengol | a 2'31" | Spagna | Andalucía Caja Granada |
| 19 | David Da Silva Livramento | a 2'51" | Portogallo | Tavira - Prio |
| 20 | Eduardo Gonzalo Ramírez | a 2'59" | Spagna | Velo-Club La Pomme Marseille |
| 21 | Danail Andonov Petrov | a 4'00" | Bulgaria | Konya Torku Seker Spor - Vivelo |
| 22 | César Fonte | a 5'01" | Portogallo | Barbot - Efapel |
| 23 | Lachlan David Morton | a 5'17" | Australia | Chipotle Development Team |
| 24 | Robbie Squire | a 5'24" | Usa | Chipotle Development Team |
| 25 | Oleg Chuzhda | a 5'52" | Ucraina | Caja Rural |
| 26 | Alfredo Balloni | a 5'54" | Italia | Lampre - ISD |
| 27 | Rubén Martínez Hernández | a 6'16" | Spagna | Caja Rural |
| 28 | Francesco Gavazzi | a 6'37" | Italia | Lampre - ISD |
| 29 | Andrei Krasilnikau | a 7'26" | Bielorussia | Chipotle Development Team |
| 30 | Matteo Rabottini | a 7'30" | Italia | Farnese Vini - Neri Sottoli |
