| 1 | Fabio Andrés Duarte Arevalo | in 14h14'18" | Colombia | Café de Colombia - Colombia es Pasión |
| 2 | Beñat Intxausti Elorriaga | a 19" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 3 | Santiago Pérez Fernández | a 50" | Spagna | Centro Ciclismo de Loulé - Louletano |
| 4 | Alex Norberto Cano Ardila | a 1'02" | Colombia | Café de Colombia - Colombia es Pasión |
| 5 | José Herrada López | a 1'03" | Spagna | Caja Rural |
| 6 | Constantino Zaballa Gutiérrez | a 1'44" | Spagna | Centro Ciclismo de Loulé - Louletano |
| 7 | Ezequiel Mosquera Miguez | a 1'48" | Spagna | Xacobeo Galicia |
| 8 | Javier Moreno Bazán | a 1'49" | Spagna | Andalucía - Cajasur |
| 9 | David Blanco Rodríguez | a 1'54" | Spagna | Palmeiras Resort - Tavira |
| 10 | Gregory Juel Brenes Obando | a 2'12" | Costarica | Burgos 2016 - Castilla y León |
| 11 | Damien Monier | a 2'16" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 12 | Ángel Vicioso Arcos | a 2'18" | Spagna | Andalucía - Cajasur |
| 13 | Luis Felipe Laverde Jiménez | a 2'26" | Colombia | Café de Colombia - Colombia es Pasión |
| 14 | Andre Fernando Santos Martins Cardoso | a 2'31" | Portogallo | Palmeiras Resort - Tavira |
| 15 | Pedro Merino Criado | a 2'42" | Spagna | Footon - Servetto |
| 16 | Aketza Peña Iza | a 2'49" | Spagna | Caja Rural |
| 17 | Przemyslaw Niemiec | a 3'08" | Polonia | Miche |
| 18 | Alejandro Manuel Marque Porto | a 3'16" | Spagna | Palmeiras Resort - Tavira |
| 19 | Andrés Avelino Antuña Coro | a 3'36" | Spagna | Burgos 2016 - Castilla y León |
| 20 | Marcos García Fernández | a 4'25" | Spagna | Xacobeo Galicia |
| 21 | Pasquale Muto | a 4'54" | Italia | Miche |
| 22 | David De La Cruz Melgarejo | a 5'19" | Spagna | Caja Rural |
| 23 | Daniel Plaza | a 5'38" | Spagna | |
| 24 | Gonzalo Rabunal Rios | a 5'54" | Spagna | Xacobeo Galicia |
| 25 | Mikel Landa Meana | a 5'57" | Spagna | Orbea |
| 26 | David Da Silva Livramento | a 7'05" | Portogallo | Palmeiras Resort - Tavira |
| 27 | Ion Izagirre Insausti | a 7'18" | Spagna | Orbea |
| 28 | Higinio Fernández Suárez | a 7'47" | Spagna | Caja Rural |
| 29 | José Vicente Toribio Alcolea | a 7'52" | Spagna | Andalucía - Cajasur |
| 30 | John Edibberto Martínez Montero | a 7'57" | Colombia | Café de Colombia - Colombia es Pasión |
