| 1 | Oleg Chuzhda | in 4h14'11" | Ucraina | Contentpolis - Ampo |
| 2 | Helder Oliveira | a 49" | Portogallo | Barbot - Siper |
| 3 | Martin Hebik | a 49" | Repubblica Ceca | PSK Whirlpool - Author |
| 4 | Pedro Miguel Lopes Goncalves | a 51" | Portogallo | Centro Ciclismo de Loulé - Louletano |
| 5 | Javier Ramírez Abeja | a 2'00" | Spagna | Andalucía Cajasur |
| 6 | Rubén Reig Conejero | a 2'00" | Spagna | Contentpolis - Ampo |
| 7 | Dirk Bellemakers | a 2'26" | Olanda | Landbouwkrediet - Colnago |
| 8 | Simon Clarke | a 2'26" | Australia | Amica Chips - Knauf |
| 9 | Celestino Duarte Dias Pinho | a 2'37" | Portogallo | LA - Rota dos Moveis |
| 10 | Marco Marzano | a 2'37" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 11 | Tomas Buchacek | a 3'05" | Repubblica Ceca | PSK Whirlpool - Author |
| 12 | Filipe Duarte Sousa Cardoso | a 3'05" | Portogallo | Liberty Seguros |
| 13 | Sergio Miguel Vieira Ribeiro | a 3'05" | Portogallo | Barbot - Siper |
| 14 | Krassimir Koev Vasilev | a 3'05" | Bulgaria | Palmeiras Resort - Tavira |
| 15 | Sergio Ferreira Sousa | a 3'05" | Portogallo | Madeinox Boavista |
| 16 | Célio Cristiano Alves Sousa | a 3'05" | Portogallo | Madeinox Boavista |
| 17 | Danilo Hondo | a 4'53" | Germania | PSK Whirlpool - Author |
| 18 | Andrea Grendene | a 4'53" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 19 | Candido Joaquim Venda Moreira Barbosa | a 4'53" | Portogallo | Palmeiras Resort - Tavira |
| 20 | Alessandro Petacchi | a 4'53" | Italia | LPR Brakes Farnese Vini |
| 21 | David Blanco Rodríguez | a 4'53" | Spagna | Palmeiras Resort - Tavira |
| 22 | Bruno Saraiva | a 4'53" | Portogallo | Centro Ciclismo de Loulé - Louletano |
| 23 | Nuno Jorge Gaspar Ribeiro | a 4'53" | Portogallo | Liberty Seguros |
| 24 | Geert Verheyen | a 4'53" | Belgio | Landbouwkrediet - Colnago |
| 25 | Cristian Benenati | a 4'53" | Italia | ISD |
| 26 | César Antunes Quiterio | a 4'53" | Portogallo | Centro Ciclismo de Loulé - Louletano |
| 27 | Patrick Sinkewitz | a 4'53" | Germania | PSK Whirlpool - Author |
| 28 | Andre Fernando Santos Martins Cardoso | a 4'53" | Portogallo | Palmeiras Resort - Tavira |
| 29 | Vicente David Bernabéu Armengol | a 4'53" | Spagna | Barbot - Siper |
| 30 | Nuno Duarte Silva Marta | a 4'53" | Portogallo | Centro Ciclismo de Loulé - Louletano |
