Mikel Astarloza, 22° di tappa a 1'48" da Contador e 9° nella generale a 12'38" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 61 | Sylvain Calzati | a 1h21'59" | Francia | Agritubel |
| 62 | Igor Antón Hernández | a 1h22'07" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 63 | Gorka Verdugo Marcotegui | a 1h22'59" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 64 | Thomas Voeckler | a 1h25'52" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 65 | Amets Txurruka Ansola | a 1h26'03" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 66 | José Luis Arrieta Lujambio | a 1h27'45" | Spagna | AG2R La Mondiale |
| 67 | David Arroyo Duran | a 1h28'07" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 68 | Juan Manuel Gárate Cepa | a 1h28'30" | Spagna | Rabobank |
| 69 | José Ivan Gutiérrez Palacios | a 1h29'55" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 70 | David Millar | a 1h30'38" | Malta | Garmin - Slipstream |
| 71 | Nicolas Vogondy | a 1h30'55" | Francia | Agritubel |
| 72 | Maxime Bouet | a 1h32'27" | Francia | Agritubel |
| 73 | Geoffroy Lequatre | a 1h32'46" | Francia | Agritubel |
| 74 | Marzio Bruseghin | a 1h34'04" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 75 | Amaël Moinard | a 1h34'50" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 76 | Christophe Kern | a 1h35'01" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 77 | Johannes Fröhlinger | a 1h37'45" | Germania | Team Milram |
| 78 | Rubén Pérez Moreno | a 1h37'48" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 79 | Joost Posthuma | a 1h38'34" | Olanda | Rabobank |
| 80 | Fabian Cancellara | a 1h40'11" | Svizzera | Team Saxo Bank |
| 81 | Iñigo Cuesta López De Castro | a 1h41'20" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 82 | Stijn Devolder | a 1h44'09" | Belgio | Quick Step |
| 83 | Joan Horrach Rippoll | a 1h47'57" | Spagna | Team Katusha |
| 84 | José Joaquín Rojas Gil | a 1h48'11" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 85 | Leonardo Fabio Duque | a 1h50'39" | Colombia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 86 | Frederik Willems | a 1h50'52" | Belgio | Liquigas |
| 87 | Sebastian Lang | a 1h51'57" | Germania | Silence - Lotto |
| 88 | Heinrich Haussler | a 1h53'38" | Australia | Cervélo Test Team |
| 89 | Christophe Riblon | a 1h57'11" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 90 | Greg Van Avermaet | a 1h58'12" | Belgio | Silence - Lotto |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 61 | Marcin Sapa | a 3'36" | Polonia | Lampre - N.G.C. |
| 62 | Christian Knees | a 3'36" | Germania | Team Milram |
| 63 | Simon Geschke | a 3'36" | Germania | Skil - Shimano |
| 64 | Mickaël Delage | a 3'37" | Francia | Silence - Lotto |
| 65 | Chris Anker Sørensen | a 3'38" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 66 | Simon Spilak | a 3'40" | Slovenia | Lampre - N.G.C. |
| 67 | Yury Trofimov | a 3'43" | Russia | Bbox Bouygues Telecom |
| 68 | Geoffroy Lequatre | a 3'44" | Francia | Agritubel |
| 69 | Carlos Sastre Candil | a 3'47" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 70 | Amaël Moinard | a 3'48" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 71 | Rinaldo Nocentini | a 3'49" | Italia | AG2R La Mondiale |
| 72 | Jussi Veikkanen | a 3'54" | Finlandia | Française des Jeux |
| 73 | Rémi Pauriol | a 3'59" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 74 | Gerald Ciolek | a 4'07" | Germania | Team Milram |
| 75 | Carlos Barredo Llamazales | a 4'08" | Spagna | Quick Step |
| 76 | Brice Feillu | a 4'08" | Francia | Agritubel |
| 77 | Fumiyuki Beppu | a 4'11" | Giappone | Skil - Shimano |
| 78 | Denis Menchov | a 4'12" | Russia | Rabobank |
| 79 | Nikolay Trusov | a 4'15" | Russia | Team Katusha |
| 80 | Matthew Lloyd | a 4'16" | Australia | Silence - Lotto |
| 81 | Stéphane Goubert | a 4'18" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 82 | Anthony Geslin | a 4'21" | Francia | Française des Jeux |
| 83 | Johannes Fröhlinger | a 4'25" | Germania | Team Milram |
| 84 | Iñigo Cuesta López De Castro | a 4'26" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 85 | Steven De Jongh | a 4'29" | Olanda | Quick Step |
| 86 | Igor Antón Hernández | a 4'31" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 87 | Hubert Dupont | a 4'32" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 88 | Hayden Roulston | a 4'33" | Nuova Zelanda | Cervélo Test Team |
| 89 | José Luis Arrieta Lujambio | a 4'36" | Spagna | AG2R La Mondiale |
| 90 | Franco Pellizotti | a 4'37" | Italia | Liquigas |
