Mikel Astarloza, 22° di tappa a 1'48" da Contador e 9° nella generale a 12'38" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 31 | Nicki Sørensen | a 39'33" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 32 | Hubert Dupont | a 41'05" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 33 | Kim Kirchen | a 42'34" | Lussemburgo | Team Columbia - High Road |
| 34 | Chris Anker Sørensen | a 42'46" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 35 | Peter Velits | a 42'50" | Slovacchia | Team Milram |
| 36 | Sergio Miguel Moreira Paulinho | a 44'49" | Portogallo | Astana |
| 37 | Franco Pellizotti | a 45'48" | Italia | Liquigas |
| 38 | Luis Pasamontes Rodríguez | a 48'23" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 39 | Egoi Martínez de Esteban | a 48'40" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 40 | Laurent Lefèvre | a 51'14" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 41 | Sébastien Minard | a 51'53" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 42 | Denis Menchov | a 52'47" | Russia | Rabobank |
| 43 | Serguei Ivanov | a 52'54" | Russia | Team Katusha |
| 44 | Rémi Pauriol | a 54'25" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 45 | Rigoberto Urán Urán | a 55'09" | Colombia | Caisse d'Epargne |
| 46 | Tony Martin | a 55'39" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 47 | Grischa Niermann | a 55'59" | Germania | Rabobank |
| 48 | Gustav Erik Larsson | a 57'20" | Svezia | Team Saxo Bank |
| 49 | Volodymir Gustov | a 57'20" | Ucraina | Cervélo Test Team |
| 50 | Jérémy Roy | a 57'52" | Francia | Française des Jeux |
| 51 | Yury Trofimov | a 1h02'02" | Russia | Bbox Bouygues Telecom |
| 52 | Matthew Lloyd | a 1h03'26" | Australia | Silence - Lotto |
| 53 | Carlos Barredo Llamazales | a 1h03'52" | Spagna | Quick Step |
| 54 | Ryder Hesjedal | a 1h06'37" | Canada | Garmin - Slipstream |
| 55 | Laurens Ten Dam | a 1h07'26" | Olanda | Rabobank |
| 56 | David Loosli | a 1h10'34" | Svizzera | Lampre - N.G.C. |
| 57 | Pierrick Fédrigo | a 1h16'43" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 58 | David Moncoutié | a 1h17'12" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 59 | David Zabriskie | a 1h18'22" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 60 | Charles Wegelius | a 1h19'43" | Finlandia | Silence - Lotto |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 31 | Jurgen Van den Broeck | a 2'26" | Belgio | Silence - Lotto |
| 32 | Markus Fothen | a 2'32" | Germania | Team Milram |
| 33 | George Hincapie | a 2'34" | Usa | Team Columbia - High Road |
| 34 | Fränk Schleck | a 2'34" | Lussemburgo | Team Saxo Bank |
| 35 | Luis Pasamontes Rodríguez | a 2'36" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 36 | Christophe Riblon | a 2'36" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 37 | Stijn Devolder | a 2'37" | Belgio | Quick Step |
| 38 | Yaroslav Popovych | a 2'40" | Ucraina | Astana |
| 39 | Sandy Casar | a 2'45" | Francia | Française des Jeux |
| 40 | José Ivan Gutiérrez Palacios | a 2'46" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 41 | Heinrich Haussler | a 2'50" | Australia | Cervélo Test Team |
| 42 | Ryder Hesjedal | a 2'51" | Canada | Garmin - Slipstream |
| 43 | Juan Manuel Gárate Cepa | a 2'52" | Spagna | Rabobank |
| 44 | Laurent Lefèvre | a 2'57" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 45 | Martijn Maaskant | a 3'00" | Olanda | Garmin - Slipstream |
| 46 | Stéphane Augé | a 3'03" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 47 | Grischa Niermann | a 3'07" | Germania | Rabobank |
| 48 | Sébastien Rosseler | a 3'09" | Belgio | Quick Step |
| 49 | Nicolas Roche | a 3'11" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 50 | Haimar Zubeldia Agirre | a 3'11" | Spagna | Astana |
| 51 | Aliaksandr Kuchynski | a 3'12" | Bielorussia | Liquigas |
| 52 | Roman Kreuziger | a 3'16" | Repubblica Ceca | Liquigas |
| 53 | Stuart O'Grady | a 3'21" | Australia | Team Saxo Bank |
| 54 | Christophe Le Mével | a 3'22" | Francia | Française des Jeux |
| 55 | Pierrick Fédrigo | a 3'23" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 56 | Koen De Kort | a 3'27" | Olanda | Skil - Shimano |
| 57 | Maxime Bouet | a 3'29" | Francia | Agritubel |
| 58 | Brett Lancaster | a 3'32" | Australia | Cervélo Test Team |
| 59 | William Bonnet | a 3'33" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 60 | Nicki Sørensen | a 3'35" | Danimarca | Team Saxo Bank |
