Mikel Astarloza, 3° di tappa con lo stesso tempo di Sánchez e 17° nella generale a 3'02" da Nocentini, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 61 | Fabian Cancellara | a 17'57" | Svizzera | Team Saxo Bank |
| 62 | Yury Trofimov | a 18'40" | Russia | Bbox Bouygues Telecom |
| 63 | Juan Antonio Flecha Giannoni | a 19'38" | Argentina | Rabobank |
| 64 | Juan José Oroz Ugalde | a 20'10" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 65 | Amets Txurruka Ansola | a 20'13" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 66 | Igor Antón Hernández | a 20'48" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 67 | Hubert Dupont | a 20'55" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 68 | Cyril Dessel | a 21'40" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 69 | Jens Voigt | a 23'02" | Germania | Team Saxo Bank |
| 70 | Luis Pasamontes Rodríguez | a 23'38" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 71 | Grischa Niermann | a 24'18" | Germania | Rabobank |
| 72 | Aliaksandr Kuchynski | a 24'21" | Bielorussia | Liquigas |
| 73 | Sylvain Calzati | a 24'24" | Francia | Agritubel |
| 74 | Nicolas Vogondy | a 24'44" | Francia | Agritubel |
| 75 | Simon Spilak | a 24'44" | Slovenia | Lampre - N.G.C. |
| 76 | David Millar | a 27'18" | Malta | Garmin - Slipstream |
| 77 | Thomas Voeckler | a 28'03" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 78 | José Joaquín Rojas Gil | a 28'07" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 79 | Geoffroy Lequatre | a 28'08" | Francia | Agritubel |
| 80 | Carlos Barredo Llamazales | a 29'01" | Spagna | Quick Step |
| 81 | Sebastian Lang | a 29'11" | Germania | Silence - Lotto |
| 82 | David Loosli | a 29'50" | Svizzera | Lampre - N.G.C. |
| 83 | Filippo Pozzato | a 29'54" | Italia | Team Katusha |
| 84 | Jussi Veikkanen | a 30'43" | Finlandia | Française des Jeux |
| 85 | Heinrich Haussler | a 31'01" | Australia | Cervélo Test Team |
| 86 | Stijn Devolder | a 31'22" | Belgio | Quick Step |
| 87 | Ryder Hesjedal | a 31'28" | Canada | Garmin - Slipstream |
| 88 | Matthew Lloyd | a 31'57" | Australia | Silence - Lotto |
| 89 | Iñigo Cuesta López De Castro | a 32'21" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 90 | David Arroyo Duran | a 32'49" | Spagna | Caisse d'Epargne |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 61 | Sébastien Rosseler | a 8'12" | Belgio | Quick Step |
| 62 | Laurent Lefèvre | a 8'12" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 63 | Hubert Dupont | a 8'12" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 64 | David Zabriskie | a 8'12" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 65 | Alexandre Pichot | a 14'14" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 66 | Brian Bach Vandborg | a 14'14" | Danimarca | Liquigas |
| 67 | Hayden Roulston | a 14'14" | Nuova Zelanda | Cervélo Test Team |
| 68 | Aliaksandr Kuchynski | a 14'14" | Bielorussia | Liquigas |
| 69 | Alessandro Vanotti | a 14'14" | Italia | Liquigas |
| 70 | Bingen Fernández Bustinza | a 14'14" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 71 | Stef Clement | a 14'14" | Olanda | Rabobank |
| 72 | Jens Voigt | a 14'14" | Germania | Team Saxo Bank |
| 73 | Thierry Hupond | a 14'14" | Francia | Skil - Shimano |
| 74 | Jérôme Pineau | a 14'14" | Francia | Quick Step |
| 75 | Heinrich Haussler | a 14'14" | Australia | Cervélo Test Team |
| 76 | Johannes Fröhlinger | a 14'14" | Germania | Team Milram |
| 77 | Joost Posthuma | a 14'14" | Olanda | Rabobank |
| 78 | Johan Vansummeren | a 14'14" | Belgio | Silence - Lotto |
| 79 | Cyril Dessel | a 14'14" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 80 | Simon Spilak | a 14'14" | Slovenia | Lampre - N.G.C. |
| 81 | Anthony Geslin | a 14'14" | Francia | Française des Jeux |
| 82 | Stuart O'Grady | a 14'14" | Australia | Team Saxo Bank |
| 83 | Igor Antón Hernández | a 14'14" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 84 | Egoi Martínez de Esteban | a 14'14" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 85 | Maxime Bouet | a 14'14" | Francia | Agritubel |
| 86 | Rui Alberto Faria da Costa | a 14'14" | Portogallo | Caisse d'Epargne |
| 87 | Sebastian Lang | a 14'14" | Germania | Silence - Lotto |
| 88 | Amets Txurruka Ansola | a 14'14" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 89 | Geoffroy Lequatre | a 14'14" | Francia | Agritubel |
| 90 | Rigoberto Urán Urán | a 14'14" | Colombia | Caisse d'Epargne |
