Mikel Astarloza, 3° di tappa con lo stesso tempo di Sánchez e 17° nella generale a 3'02" da Nocentini, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 31 | Stéphane Goubert | a 6'54" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 32 | Juan Manuel Gárate Cepa | a 6'56" | Spagna | Rabobank |
| 33 | Gustav Erik Larsson | a 6'59" | Svezia | Team Saxo Bank |
| 34 | David Moncoutié | a 7'27" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 35 | Chris Anker Sørensen | a 8'06" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 36 | Christian Knees | a 8'21" | Germania | Team Milram |
| 37 | Rémi Pauriol | a 8'29" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 38 | Jurgen Van den Broeck | a 9'37" | Belgio | Silence - Lotto |
| 39 | Christophe Moreau | a 9'44" | Francia | Agritubel |
| 40 | Pierre Rolland | a 9'59" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 41 | Nicki Sørensen | a 10'36" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 42 | Kurt-Asle Arvesen | a 11'34" | Norvegia | Team Saxo Bank |
| 43 | David Zabriskie | a 11'36" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 44 | Laurens Ten Dam | a 11'44" | Olanda | Rabobank |
| 45 | Sergio Miguel Moreira Paulinho | a 11'50" | Portogallo | Astana |
| 46 | Sylvain Chavanel | a 12'00" | Francia | Quick Step |
| 47 | José Ángel Gómez Marchante | a 12'17" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 48 | José Luis Arrieta Lujambio | a 13'47" | Spagna | AG2R La Mondiale |
| 49 | Jérémy Roy | a 13'52" | Francia | Française des Jeux |
| 50 | Jérôme Pineau | a 14'30" | Francia | Quick Step |
| 51 | Volodymir Gustov | a 14'37" | Ucraina | Cervélo Test Team |
| 52 | Sébastien Minard | a 14'56" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 53 | Johannes Fröhlinger | a 15'14" | Germania | Team Milram |
| 54 | Franco Pellizotti | a 15'23" | Italia | Liquigas |
| 55 | Egoi Martínez de Esteban | a 15'30" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 56 | José Ivan Gutiérrez Palacios | a 16'02" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 57 | Nicolas Roche | a 16'45" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 58 | Laurent Lefèvre | a 16'52" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 59 | Rigoberto Urán Urán | a 17'07" | Colombia | Caisse d'Epargne |
| 60 | Gorka Verdugo Marcotegui | a 17'08" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 31 | George Hincapie | a 1'54" | Usa | Team Columbia - High Road |
| 32 | Christian Vande Velde | a 1'54" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 33 | Tony Martin | a 1'54" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 34 | Alberto Contador Velasco | a 1'54" | Spagna | Astana |
| 35 | Carlos Sastre Candil | a 1'54" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 36 | Nicki Sørensen | a 1'54" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 37 | Lance Armstrong | a 1'54" | Usa | Astana |
| 38 | José Ángel Gómez Marchante | a 1'54" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 39 | Yaroslav Popovych | a 1'54" | Ucraina | Astana |
| 40 | Gustav Erik Larsson | a 1'54" | Svezia | Team Saxo Bank |
| 41 | Jurgen Van den Broeck | a 1'54" | Belgio | Silence - Lotto |
| 42 | Vladimir Karpets | a 1'54" | Russia | Team Katusha |
| 43 | Juan Manuel Gárate Cepa | a 1'54" | Spagna | Rabobank |
| 44 | Vincenzo Nibali | a 1'54" | Italia | Liquigas |
| 45 | Denis Menchov | a 1'54" | Russia | Rabobank |
| 46 | David Moncoutié | a 1'54" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 47 | Stéphane Goubert | a 1'54" | Francia | AG2R La Mondiale |
| 48 | Christophe Le Mével | a 1'54" | Francia | Française des Jeux |
| 49 | Haimar Zubeldia Agirre | a 1'54" | Spagna | Astana |
| 50 | Linus Gerdemann | a 1'54" | Germania | Team Milram |
| 51 | Yury Trofimov | a 1'54" | Russia | Bbox Bouygues Telecom |
| 52 | David Millar | a 1'54" | Malta | Garmin - Slipstream |
| 53 | Laurens Ten Dam | a 1'54" | Olanda | Rabobank |
| 54 | Gorka Verdugo Marcotegui | a 1'54" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 55 | Kim Kirchen | a 1'54" | Lussemburgo | Team Columbia - High Road |
| 56 | Sergio Miguel Moreira Paulinho | a 1'54" | Portogallo | Astana |
| 57 | José Luis Arrieta Lujambio | a 2'20" | Spagna | AG2R La Mondiale |
| 58 | Alessandro Ballan | a 8'12" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 59 | Volodymir Gustov | a 8'12" | Ucraina | Cervélo Test Team |
| 60 | Juan José Oroz Ugalde | a 8'12" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
