| 1 | Matija Kvasina | in 27h12'35" | Croazia | Perutnina Ptuj |
| 2 | Radoslav Rogina | a 14" | Croazia | Perutnina Ptuj |
| 3 | Eddy Ratti | a 2'12" | Italia | Nippo - Endeka |
| 4 | Kristijan Durasek | a 2'12" | Croazia | Perutnina Ptuj |
| 5 | Danilo Andrenacci | a 7'02" | Italia | Hadimec - Nazionale Elettronica |
| 6 | Nebojsa Jovanovic | a 7'28" | Yugoslavia | Cosmote Kastro |
| 7 | Hrvoje Miholjevic | a 7'28" | Croazia | |
| 8 | Olegs Melehs | a 7'48" | Lettonia | Dynatek - Latvia |
| 9 | Predrag Prokic | a 8'10" | Yugoslavia | Toshiba - Santo Pro Cycling presented by Herbalife |
| 10 | Fabio Gilioli | a 8'11" | Italia | Amore & Vita - McDonald's |
| 11 | Volodymyr Starchyk | a 8'33" | Ucraina | Dynatek - Latvia |
| 12 | Matej Marin | a 8'42" | Slovenia | Perutnina Ptuj |
| 13 | Miguel Ángel Rubiano Chávez | a 9'02" | Colombia | Centri della Calzatura - Partizan |
| 14 | Oleksandr Sheydyk | a 9'12" | Ucraina | ISD - Sport - Donetsk |
| 15 | Vincenzo Garofalo | a 9'15" | Italia | Nippo - Endeka |
| 16 | Maros Kovác | a 9'41" | Slovacchia | Dukla Trencin Merida |
| 17 | Aurélien Ribet | a 10'32" | Francia | |
| 18 | Léon Burger | a 10'36" | Olanda | |
| 19 | Luca Zanasca | a 10'47" | Italia | Centri della Calzatura - Partizan |
| 20 | Petr Dlask | a 11'14" | Repubblica Ceca | Fidea Cycling Team |