| 1 | Denis Menchov | in 52h14'21" | Russia | Rabobank |
| 2 | Vladimir Efimkin | a 2'01" | Russia | Caisse d'Epargne |
| 3 | Cadel Evans | a 2'27" | Australia | Predictor - Lotto |
| 4 | Carlos Sastre Candil | a 3'02" | Spagna | Team CSC |
| 5 | Ezequiel Mosquera Miguez | a 4'35" | Spagna | Karpin Galicia |
| 6 | Samuel Sánchez González | a 4'42" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 7 | Vladimir Karpets | a 5'49" | Russia | Caisse d'Epargne |
| 8 | Manuel Beltrán Martínez | a 5'56" | Spagna | Liquigas |
| 9 | Stijn Devolder | a 6'28" | Belgio | Discovery Channel Pro Cycling Team |
| 10 | Carlos Barredo Llamazales | a 6'39" | Spagna | Quick Step - Innergetic |
| 11 | Maxime Monfort | a 7'13" | Belgio | Cofidis, le Crédit par Télephone |
| 12 | Igor Antón Hernández | a 7'58" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 13 | Daniel Moreno Fernández | a 9'34" | Spagna | Relax - Gam |
| 14 | Josep Jufre Pou | a 9'39" | Spagna | Predictor - Lotto |
| 15 | Sylvain Chavanel | a 9'44" | Francia | Cofidis, le Crédit par Télephone |
| 16 | Luis Pérez Rodríguez | a 11'02" | Spagna | Andalucía - Cajasur |
| 17 | Stéphane Goubert | a 11'40" | Francia | AG2R Prevoyance |
| 18 | Oliver Zaugg | a 11'44" | Svizzera | Gerolsteiner |
| 19 | Jurgen Van Goolen | a 12'38" | Belgio | Discovery Channel Pro Cycling Team |
| 20 | Roman Kreuziger | a 14'15" | Repubblica Ceca | Liquigas |
| 21 | Andrea Tonti | a 15'08" | Italia | Quick Step - Innergetic |
| 22 | Chris Anker Sørensen | a 16'06" | Danimarca | Team CSC |
| 23 | Leonardo Bertagnolli | a 16'17" | Italia | Liquigas |
| 24 | Wim Van Huffel | a 16'44" | Belgio | Predictor - Lotto |
| 25 | David López García | a 18'05" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 26 | Rene Mandri | a 18'28" | Estonia | AG2R Prevoyance |
| 27 | Alexandre Botcharov | a 19'11" | Russia | Crédit Agricole |
| 28 | Rubén Lobato Elvira | a 21'55" | Spagna | Saunier Duval - Prodir |
| 29 | Stef Clement | a 22'12" | Olanda | Bouygues Telecom |
| 30 | Hubert Dupont | a 22'51" | Francia | AG2R Prevoyance |