5a tappa: Bad Tölz - Seefeld [Austria]
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(Tappa originariamente prevista di 192,1 km)
Com'era prevedibile, cambia tutto al Giro di Germania: le prime salite lanciano Leipheimer, vincitore di tappa, e Voigt, nuovo leader. Ma è il maltempo il vero protagonista: in cima al Kühtai Passhöhe, Gpm Hors catégorie posto al km 132, la temperatura è di appena 1° Celsius, con pioggia e neve: i corridori protestano, e l'organizzazione decide di tagliare di oltre 30 km la tappa, cancellando il passaggio sulla salita più alta (2020 metri) del Giro di Germania 2006.
Dopo una serie di corposi tentativi di fuga in avvio, e dopo lo sprint intermedio di Achenkirch (km 39), vinto da Becke (Milram) su Kirchen (T-Mobile) e Schumacher (Gerolsteiner), al km 82 attaccano in 6: Bodrogi (Crédit), Knees (Milram), Boven (Rabobank), Rosseler (Quick Step), Retschke (Wiesenhof) e Fornaciari (Lampre). Rosseler, a 1'04" dal leader della classifica Zabel, diventa maglia gialla virtuale, il vantaggio tocca una punta massima di 2'30" al km 104, dopo che allo sprint di Innsbruck (km 98) Retschke ha preceduto Bodrogi e Fornaciari.
La Gerolsteiner controlla la fuga, e tra i 6 si rompe l'accordo: al km 142 Rosseler se ne va da solo, e da solo è quando, al km 151, approccia la salita del Mösern (1a cat., vetta al km 159). Ma già 1 km dopo il belga viene ripreso dal gruppo, che aveva già raggiunto gli altri 5 attaccanti.
C'è selezione, si staccano tra gli altri Zabel (Milram), Schumacher e Gerdemann (T-Mobile), e al km 157, -2 dalla vetta, davanti ci sono Petrov e Bruseghin (Lampre), Andy Schleck, Cuesta e Voigt (Csc), Gusev e Devolder (Discovery), Piepoli (Saunier), Kashechkin (Astana) e Leipheimer (Gerolsteiner). È Kashechkin a forzare e a portar via un terzetto: gli resistono Leipheimer e Piepoli (passano in quest'ordine, alle spalle del kazako, al Gpm). Sul falsopiano successivo al Gpm, Leipheimer allunga e non lo prendono più, e a poco serve che sulla coppia inseguitrice rientrano anche Bruseghin e Voigt. Per Leipheimer arriva il successo, per Voigt la maglia gialla. Ritirati Clement (Bouygues) e Van Goolen (Discovery)