Mikel Astarloza, 18° di tappa a 2'44" da Garate e 11° nella generale a 14'44" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 127 | Albert Timmer | a 3h16'01" | Olanda | Skil - Shimano |
| 1 | Alberto Contador Velasco | in 81h46'17" | Spagna | Astana |
| 94 | Alessandro Ballan | a 2h26'22" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 119 | Alessandro Vanotti | a 3h04'00" | Italia | Liquigas |
| 17 | Alexandre Botcharov | a 29'33" | Russia | Team Katusha |
| 116 | Alexandre Pichot | a 3h01'25" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 91 | Aliaksandr Kuchynski | a 2h23'58" | Bielorussia | Liquigas |
| 64 | Amaël Moinard | a 1h41'54" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 154 | Andreas Klier | a 3h54'08" | Germania | Cervélo Test Team |
| 6 | Andreas Klöden | a 6'42" | Germania | Astana |
| 2 | Andy Schleck | a 4'11" | Lussemburgo | Team Saxo Bank |
| 118 | Anthony Geslin | a 3h02'26" | Francia | Française des Jeux |
| 113 | Arnaud Coyot | a 2h57'08" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 141 | Benoît Vaugrenard | a 3h34'35" | Francia | Française des Jeux |
| 149 | Bernhard Eisel | a 3h46'35" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 133 | Bert Grabsch | a 3h26'44" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 104 | Bingen Fernández Bustinza | a 2h45'28" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 4 | Bradley Wiggins | a 6'01" | Belgio | Garmin - Slipstream |
| 126 | Brett Lancaster | a 3h15'33" | Australia | Cervélo Test Team |
| 115 | Brian Bach Vandborg | a 2h59'57" | Danimarca | Liquigas |
| 24 | Brice Feillu | a 41'14" | Francia | Agritubel |
| 29 | Cadel Evans | a 45'24" | Australia | Silence - Lotto |
| 62 | Carlos Barredo Llamazales | a 1h38'30" | Spagna | Quick Step |
| 16 | Carlos Sastre Candil | a 26'21" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 58 | Charles Wegelius | a 1h29'07" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 33 | Chris Anker Sørensen | a 49'47" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 20 | Christian Knees | a 34'48" | Germania | Team Milram |
| 8 | Christian Vande Velde | a 12'04" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 74 | Christophe Kern | a 1h58'58" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 10 | Christophe Le Mével | a 14'25" | Francia | Française des Jeux |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 45 | Albert Timmer | a 6'28" | Olanda | Skil - Shimano |
| 4 | Alberto Contador Velasco | a 38" | Spagna | Astana |
| 116 | Alessandro Ballan | a 25'49" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 100 | Alessandro Vanotti | a 22'41" | Italia | Liquigas |
| 35 | Alexandre Botcharov | a 5'45" | Russia | Team Katusha |
| 88 | Alexandre Pichot | a 14'10" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 41 | Aliaksandr Kuchynski | a 6'05" | Bielorussia | Liquigas |
| 33 | Amaël Moinard | a 5'45" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 153 | Andreas Klier | a 26'01" | Germania | Cervélo Test Team |
| 12 | Andreas Klöden | a 1'42" | Germania | Astana |
| 3 | Andy Schleck | a 38" | Lussemburgo | Team Saxo Bank |
| 42 | Anthony Geslin | a 6'09" | Francia | Française des Jeux |
| 95 | Arnaud Coyot | a 17'20" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 134 | Benoît Vaugrenard | a 25'49" | Francia | Française des Jeux |
| 145 | Bernhard Eisel | a 25'49" | Austria | Team Columbia - High Road |
| 114 | Bert Grabsch | a 25'49" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 93 | Bingen Fernández Bustinza | a 17'16" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 10 | Bradley Wiggins | a 1'03" | Belgio | Garmin - Slipstream |
| 128 | Brett Lancaster | a 25'49" | Australia | Cervélo Test Team |
| 142 | Brian Bach Vandborg | a 25'49" | Danimarca | Liquigas |
| 66 | Brice Feillu | a 9'27" | Francia | Agritubel |
| 31 | Cadel Evans | a 5'45" | Australia | Silence - Lotto |
| 122 | Carlos Barredo Llamazales | a 25'49" | Spagna | Quick Step |
| 70 | Carlos Sastre Candil | a 9'36" | Spagna | Cervélo Test Team |
| 62 | Charles Wegelius | a 8'05" | Finlandia | Silence - Lotto |
| 29 | Chris Anker Sørensen | a 5'42" | Danimarca | Team Saxo Bank |
| 50 | Christian Knees | a 7'35" | Germania | Team Milram |
| 16 | Christian Vande Velde | a 2'34" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 73 | Christophe Kern | a 10'12" | Francia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 15 | Christophe Le Mével | a 2'26" | Francia | Française des Jeux |
