Mikel Astarloza, 18° di tappa a 2'44" da Garate e 11° nella generale a 14'44" da Contador, squalificato in seguito ad una positività all'EPO in un controllo fuori dalle competizioni effettuato il 26 giugno 2009.
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Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 91 | Aliaksandr Kuchynski | a 2h23'58" | Bielorussia | Liquigas |
| 92 | Johan Vansummeren | a 2h25'38" | Belgio | Silence - Lotto |
| 93 | Leonardo Fabio Duque | a 2h25'52" | Colombia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 94 | Alessandro Ballan | a 2h26'22" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 95 | Stijn Vandenbergh | a 2h26'34" | Belgio | Team Katusha |
| 96 | Heinrich Haussler | a 2h28'35" | Australia | Cervélo Test Team |
| 97 | Martijn Maaskant | a 2h29'31" | Olanda | Garmin - Slipstream |
| 98 | Óscar Freire Gómez | a 2h39'25" | Spagna | Rabobank |
| 99 | Filippo Pozzato | a 2h39'39" | Italia | Team Katusha |
| 100 | Michael Rogers | a 2h42'08" | Australia | Team Columbia - High Road |
| 101 | Mickaël Delage | a 2h42'20" | Francia | Silence - Lotto |
| 102 | Juan Antonio Flecha Giannoni | a 2h42'45" | Argentina | Rabobank |
| 103 | Sébastien Rosseler | a 2h43'22" | Belgio | Quick Step |
| 104 | Bingen Fernández Bustinza | a 2h45'28" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 105 | Thor Hushovd | a 2h46'00" | Norvegia | Cervélo Test Team |
| 106 | Juan José Oroz Ugalde | a 2h46'17" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 107 | Jussi Veikkanen | a 2h46'30" | Finlandia | Française des Jeux |
| 108 | Simon Spilak | a 2h52'24" | Slovenia | Lampre - N.G.C. |
| 109 | Daniele Righi | a 2h52'44" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 110 | Koen De Kort | a 2h53'25" | Olanda | Skil - Shimano |
| 111 | Fumiyuki Beppu | a 2h54'54" | Giappone | Skil - Shimano |
| 112 | Simon Geschke | a 2h55'28" | Germania | Skil - Shimano |
| 113 | Arnaud Coyot | a 2h57'08" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 114 | Matteo Tosatto | a 2h58'28" | Italia | Quick Step |
| 115 | Brian Bach Vandborg | a 2h59'57" | Danimarca | Liquigas |
| 116 | Alexandre Pichot | a 3h01'25" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 117 | Stef Clement | a 3h02'11" | Olanda | Rabobank |
| 118 | Anthony Geslin | a 3h02'26" | Francia | Française des Jeux |
| 119 | Alessandro Vanotti | a 3h04'00" | Italia | Liquigas |
| 120 | Julian Dean | a 3h04'41" | Nuova Zelanda | Garmin - Slipstream |
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| Posizione | Ciclista | Distacco | Paese | Squadra |
|---|---|---|---|---|
| 91 | Fumiyuki Beppu | a 14'40" | Giappone | Skil - Shimano |
| 92 | José Joaquín Rojas Gil | a 17'16" | Spagna | Caisse d'Epargne |
| 93 | Bingen Fernández Bustinza | a 17'16" | Spagna | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 94 | Leonardo Fabio Duque | a 17'18" | Colombia | Cofidis, le Crédit en Ligne |
| 95 | Arnaud Coyot | a 17'20" | Francia | Caisse d'Epargne |
| 96 | Gustav Erik Larsson | a 18'40" | Svezia | Team Saxo Bank |
| 97 | Denis Menchov | a 19'18" | Russia | Rabobank |
| 98 | Egoi Martínez de Esteban | a 19'18" | Spagna | Euskaltel - Euskadi |
| 99 | Thomas Voeckler | a 19'58" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 100 | Alessandro Vanotti | a 22'41" | Italia | Liquigas |
| 101 | Simon Spilak | a 22'41" | Slovenia | Lampre - N.G.C. |
| 102 | Greg Van Avermaet | a 22'44" | Belgio | Silence - Lotto |
| 103 | Mark Cavendish | a 25'42" | Gran Bretagna | Team Columbia - High Road |
| 104 | Thor Hushovd | a 25'42" | Norvegia | Cervélo Test Team |
| 105 | Juan Antonio Flecha Giannoni | a 25'49" | Argentina | Rabobank |
| 106 | Filippo Pozzato | a 25'49" | Italia | Team Katusha |
| 107 | Mauro Santambrogio | a 25'49" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 108 | José Luis Arrieta Lujambio | a 25'49" | Spagna | AG2R La Mondiale |
| 109 | Matteo Tosatto | a 25'49" | Italia | Quick Step |
| 110 | Steven De Jongh | a 25'49" | Olanda | Quick Step |
| 111 | Sébastien Rosseler | a 25'49" | Belgio | Quick Step |
| 112 | Marco Bandiera | a 25'49" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 113 | Saïd Haddou | a 25'49" | Francia | Bbox Bouygues Telecom |
| 114 | Bert Grabsch | a 25'49" | Germania | Team Columbia - High Road |
| 115 | Fabio Sabatini | a 25'49" | Italia | Liquigas |
| 116 | Alessandro Ballan | a 25'49" | Italia | Lampre - N.G.C. |
| 117 | Daniele Bennati | a 25'49" | Italia | Liquigas |
| 118 | Fabian Wegmann | a 25'49" | Germania | Team Milram |
| 119 | Tyler Farrar | a 25'49" | Usa | Garmin - Slipstream |
| 120 | Mark Renshaw | a 25'49" | Australia | Team Columbia - High Road |
