Stefan Schumacher (Gerolsteiner), 1° classificato in 35'44" e con 18" su Kirchen e 1° nella generale in 14h04'41" e con 12" su Kirchen, cancellato dall'ordine d'arrivo in seguito a positività all'antidoping riscontrata in un test eseguito alla vigilia del Tour de France
Bernhard Kohl (Gerolsteiner), 31° classificato a 1'47" da Schumacher (1'29" da Kirchen) e 24° nella generale a 1'35" da Kirchen, cancellato dall'ordine d'arrivo in seguito a positività all'antidoping riscontrata in un test eseguito alla vigilia del Tour de France
Manuel Beltrán Martínez (Liquigas), 74° classificato a 2'57" da Schumacher (2'39" da Kirchen) e 37° nella generale a 2'45", cancellato dall'ordine d'arrivo in seguito a positività all'antidoping riscontrata in un test eseguito alla vigilia del Tour de France
Moises Dueñas Nevado (Barloworld), 82° classificato a 3'05" da Schumacher (2'47" da Kirchen) e 106° a 6'09" da Kirchen, cancellato dall'ordine d'arrivo in seguito a positività all'antidoping riscontrata in un test eseguito dopo la 4a tappa del Tour de France
Riccardo Riccò (Saunier Duval - Scott), 115° classificato a 3'36" da Schumacher (3'18" da Kirchen) e 59° a 3'56" da Kirchen, cancellato dall'ordine d'arrivo in seguito a positività all'antidoping riscontrata in un test eseguito dopo la 4a tappa, e in seguito all'ammissione di aver fatto ricorso a sostanze dopanti sin da prima del via del Tour de France
Leonardo Piepoli (Saunier Duval - Scott), 177° classificato a 6'44" da Schumacher (6'26" da Kirchen) e 173° a 13'47" da Kirchen, cancellato dall'ordine d'arrivo in seguito a positività all'antidoping riscontrata in un test eseguito alla vigilia del Tour de France