| 1 | Hugo Sabido | in 32h16'10" | Portogallo | LA - Antarte |
| 2 | César Fonte | a 12" | Portogallo | Efapel - Glassdrive |
| 3 | Sergio Miguel Vieira Ribeiro | a 38" | Portogallo | Efapel - Glassdrive |
| 4 | Rui Miguel Sousa Barbosa | a 45" | Portogallo | Efapel - Glassdrive |
| 5 | David Blanco Rodríguez | a 51" | Spagna | Efapel - Glassdrive |
| 6 | David De La Cruz Melgarejo | a 57" | Spagna | Caja Rural |
| 7 | Brice Feillu | a 1'04" | Francia | Saur - Sojasun |
| 8 | Nuno Jorge Gaspar Ribeiro | a 1'16" | Portogallo | Efapel - Glassdrive |
| 9 | Daniel Eduardo Moreira Silva | a 1'18" | Portogallo | Onda |
| 10 | Virgilio Martins Dos Santos | a 1'24" | Portogallo | LA - Antarte |
| 11 | Darwin Atapuma Hurtado | a 1'27" | Colombia | Colombia - Coldeportes |
| 12 | Nelson Nuno Sequeira Vitorino | a 1'30" | Portogallo | Carmin - Prio |
| 13 | Sergio Ferreira Sousa | a 1'42" | Portogallo | Efapel - Glassdrive |
| 14 | David Da Silva Livramento | a 1'51" | Portogallo | Carmin - Prio |
| 15 | Moisés Dueñas Nevado | a 1'54" | Spagna | Burgos BH - Castilla y León |
| 16 | Jordi Simon Casulleras | a 2'10" | Spagna | Andalucía |
| 17 | Maxime Méderel | a 2'19" | Francia | Saur - Sojasun |
| 18 | Jonathan Clarke | a 2'27" | Australia | Unitedhealthcare Pro Cycling Team |
| 19 | Alejandro Manuel Marque Porto | a 2'36" | Spagna | Carmin - Prio |
| 20 | Helder Oliveira | a 2'44" | Portogallo | Onda |
| 21 | Marc De Maar | a 2'45" | Olanda | Unitedhealthcare Pro Cycling Team |
| 22 | Ricardo Vilela | a 2'57" | Portogallo | Efapel - Glassdrive |
| 23 | Marcio Barbosa | a 2'59" | Portogallo | LA - Antarte |
| 24 | Célio Cristiano Alves Sousa | a 3'14" | Portogallo | Onda |
| 25 | Omar Fraile Matarranz | a 4'13" | Spagna | Orbea Continental |
| 26 | José Isidro Maciel Gonçalves | a 4'43" | Portogallo | Onda |
| 27 | Jean-Marc Marino | a 4'56" | Francia | Saur - Sojasun |
| 28 | Jose João Pimenta Costa Mendes | a 5'09" | Portogallo | LA - Antarte |
| 29 | Antonio Filipe Oliveira Amorim | a 5'40" | Portogallo | Efapel - Glassdrive |
| 30 | Hugo De Matos Sancho | a 5'44" | Portogallo | LA - Antarte |
